单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)及细胞分离技术分类汇总
单细胞测序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在过去的十多年里，高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域，极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序（RNA-seq）被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录 ...
原文：scRNA-seq单细胞测序数据分析工具汇总
本文总结自一篇综述： Computational approaches for interpreting scRNA seq data 单细胞分析分为两个层次： cell level gene level Tools for the visualization and clustering of cells. Tools for the ordering of cells amp bifurcat ...
2017-07-12 18:13 0 6366 推荐指数：
相关推荐
单细胞空间转录组 | scRNA-seq
实验室马上要开始做heart的单细胞空间转录组，需要提前了解一下基本的data。 废话不多说，先把示例数据和教程跑一遍，找找感觉。 参考：Seurat4.0系列教程22：空间转录组的分析、可视化与整合 样本制备 - 获取高质量数据的前提 参考 ...
单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结
自从2009年单细胞转录组测序（single-cell RNA-seq，scRNA-seq）技术首次问世，至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。在过去的十年里，单细胞转录组测序技术得到了蓬勃的发展，从而使得可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况，可以更精准的开展 ...
单细胞测序数据的差异表达分析方法总结
无论是传统的多细胞转录组测序（bulk RNA-seq）还是单细胞转录组测序（scRNA-seq），差异表达分析（differential expression analysis）是比较两组不同样本基因表达异同的基本方法，可获得一组样本相对于另一组样本表达显著上调（up-regulated）和下调 ...
单细胞转录组测序数据的可变剪接(alternative splicing)分析方法总结
本，这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段，在不同的组织中有各自特异的表达和功能，从而极大地丰富了编码R ...
基于单细胞测序数据构建细胞状态转换轨迹(cell trajectory)方法总结
细胞状态转换轨迹构建示意图（Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014）在各种生物系统中，细胞都会展现出一系列的不同状态（如基因表达的动态变化等），这些状态（state）之间会按照一定的时间顺序转换。最典型的比如细胞的分化过程，从不成熟的细胞逐渐分化 ...
单细胞测序数据的降维方法及细胞亚型的鉴定聚类方法总结
图1、细胞亚型的鉴定及分析（Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015） 随着单细胞测序技术的发展，每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中，少则产生几百，多则产生几十万的细胞数量 ...
单细胞测序数据的降维方法及细胞亚型鉴定聚类方法总结
图1、细胞亚型的鉴定及分析（Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015） 随着单细胞测序技术的发展，每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中，少则产生几百，多则产生几十万的细胞数量，甚至更多。其中，细胞亚型（cell ...