原文:生信基础概念之unique reads VS multi-mapping reads

unique reads:在参考组上只有一个匹配点 multi mapping reads:在参考组上有多个匹配点 下面是tophat的一个结果案例: the quantity of unique reads : the quantity of multi mapping reads: 个multi mapping reads 产生了多少个alignment 或者提起unique reads用于下 ...

2017-07-01 15:54 0 2245 推荐指数:

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ngs中reads mapping-pku的课程

4.NGS中的reads mapping 顾名思义,就是将测序的得到的DNA定位在基因组上。 因为二代测序的得到的序列是较短的,reads mapping很好地解决了这个问题。 本质上reads mapping是一个双序列比对问题,但和之前讲的NW和SW的不一样,后者适用于两者长度 ...

Sat Oct 20 19:13:00 CST 2018 0 1045
unique mapped reads

就是指唯一比对的reads 现在人们已经开始避免使用unique mapped reads这个概念了,而转向使用mapq值来保留高质量的比对结果。因为mapq值反应了一组比对结果发生的可能性,MapQ = -10 log10(P), 比如结果为10,那就是1/10的概率会出现这个比对 ...

Mon Jan 09 23:03:00 CST 2017 0 2017
【转录组入门】6:reads计数

作业要求: 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件。 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考:编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索,求平均值 ...

Wed Jul 04 05:05:00 CST 2018 0 1609
三代PacBio reads纠错 - 专题

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具。 纠错和组装是分不开的,纠错就 ...

Fri Nov 25 00:28:00 CST 2016 0 6548
PacBio长reads的大基因组组装

原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装。 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装。long insert ...

Sun Jun 12 21:17:00 CST 2016 0 4778
高通量测序中的reads、contig、scaffold什么意思?

高通量测序数据分析: 高通量测序中,reads、contigs、scaffold、unigene、singleton各是什么,有什么关系? 1. 什么是read? 高通量测序时,在芯片上的每个反应,会读出一条序列,是比较短的,叫read,它们是读序;就是我们测序产生的短读序列,通常一代和三代 ...

Sun Oct 11 05:24:00 CST 2020 0 2768
 
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