4.NGS中的reads mapping 顾名思义,就是将测序的得到的DNA定位在基因组上。 因为二代测序的得到的序列是较短的,reads mapping很好地解决了这个问题。 本质上reads mapping是一个双序列比对问题,但和之前讲的NW和SW的不一样,后者适用于两者长度 ...
unique reads:在参考组上只有一个匹配点 multi mapping reads:在参考组上有多个匹配点 下面是tophat的一个结果案例: the quantity of unique reads : the quantity of multi mapping reads: 个multi mapping reads 产生了多少个alignment 或者提起unique reads用于下 ...
2017-07-01 15:54 0 2245 推荐指数:
4.NGS中的reads mapping 顾名思义,就是将测序的得到的DNA定位在基因组上。 因为二代测序的得到的序列是较短的,reads mapping很好地解决了这个问题。 本质上reads mapping是一个双序列比对问题,但和之前讲的NW和SW的不一样,后者适用于两者长度 ...
就是指唯一比对的reads 现在人们已经开始避免使用unique mapped reads这个概念了,而转向使用mapq值来保留高质量的比对结果。因为mapq值反应了一组比对结果发生的可能性,MapQ = -10 log10(P), 比如结果为10,那就是1/10的概率会出现这个比对 ...
作业要求: 实现这个功能的软件也很多,还是烦请大家先自己搜索几个教程,入门请统一用htseq-count,对每个样本都会输出一个表达量文件。 需要用脚本合并所有的样本为表达矩阵。参考:生信编程直播第四题:多个同样的行列式文件合并起来 对这个表达矩阵可以自己简单在excel或者R里面摸索,求平均值 ...
三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具。 纠错和组装是分不开的,纠错就 ...
原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装。 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装。long insert ...
高通量测序数据分析: 高通量测序中,reads、contigs、scaffold、unigene、singleton各是什么,有什么关系? 1. 什么是read? 高通量测序时,在芯片上的每个反应,会读出一条序列,是比较短的,叫read,它们是读序;就是我们测序产生的短读序列,通常一代和三代 ...
Unicycler: Resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads Unicycler:从短序列和长序列解读中解析细菌基因组组合 Abstract The Illumina DNA ...
今天在mysql 5.6上创建函数的时候 发现报错: ERROR 1418 (HY000): This function has none of DETERMINISTIC, NO SQL, or READS SQL DATA in its declaration and binary ...