原文:pheatmap, gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile实现数据聚类和热图plot

主要步骤 pheatmap 数据处理成矩阵形式,给行名列名 用pheatmap画热图 pheatmap函数内部用hclustfun 进行聚类 ggplot 数据处理成矩阵形式,给行名列名 hclust聚类,改变矩阵行列顺序为聚类后的顺序 melt数据,处理成ggplot 能够直接处理的数据结构,并加上列名 ggplot tile进行画图 gplots 数据处理成矩阵形式,给行名列名 调制颜色并用h ...

2017-06-21 19:49 0 11988 推荐指数:

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ggplot2 geom相关设置—分布

分布在R中应该算是个比较重要的内容,而通过画图来展示数据的分布,可以更直观的让我们了解数据的分布情况 直方图 geom_histogram(mapping = NULL, data = NULL, stat = "bin", position = "stack", ..., binwidth ...

Sun Jul 24 05:49:00 CST 2016 0 5090
初探ggplot2 geom__制作面积

大家大概都对如下信息并不陌生,该用100%堆积面积的方式来表现不同时期不同国家人数所占的比例。这是一种很有意思的表达方式,而面积也是很常用的数据图表,现在让我们一起来看看如何在R里用ggplot2plot.area来制作一个面积 ...

Thu Mar 12 03:48:00 CST 2015 0 2465
HeatMap)的原理和实现

先来看两张: (1)10年世界杯决赛,冠军西班牙队中门将、后卫、中场及前锋的跑位 通过热,我们可以很清楚的看出四个球员在比赛中跑动位置的差异。 (2)历史地震震源位置的 也可以很清楚的看出,哪个地方是地震的高发地区(频率最高)。 HeatMap简介 上面两张就是 ...

Tue Sep 05 22:27:00 CST 2017 1 24595
HeatMap)的原理和实现

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Tue Dec 08 04:17:00 CST 2020 0 526
ggplot2: geom_ribbon颜色填充

1 数据 2 填充方法 2.1 原始版本 问题在于颜色填充中有未被填充的区域,下面进行改进 2.2 改进版本一 2.3 改进版本二 查看方法原地址 ...

Mon Sep 03 23:45:00 CST 2018 0 1400
heatmap.2

heatmap.2 {gplots} R Documentation Enhanced Heat Map Description A heat map is a false color image (basically image(t(x ...

Wed May 14 21:58:00 CST 2014 0 4069
 
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