-----------------------------bigBed--------------------------------- 1、bigBed格式 BigBed文件是使用bedToBigBed程序从BED类型文件创建的。结果得到的bigBed文件是二进制索引文件。bigBed文件 ...
Bam bigwig 工具 https: www.researchgate.net publication Bam bigwig a tool to convert bam files into bigwig for UCSC Genome Browser tutor file: http: files.cnblogs.com files renping bam bigwig.pdf 通过chi ...
2017-06-15 15:11 0 2348 推荐指数:
-----------------------------bigBed--------------------------------- 1、bigBed格式 BigBed文件是使用bedToBigBed程序从BED类型文件创建的。结果得到的bigBed文件是二进制索引文件。bigBed文件 ...
bam文件说明 bam文件和sam文件内容其实是一样的,只是bam是二进制的压缩文件,需要通过特定的软件来进行查看,bam文件通常可以理解为12个字段组成 BAM格式分为header section(头部分,注释信息,以@开头,可有可无)和alignment section(比对 ...
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔(\t),从左到右分别是: 1 QNAME,序列的名字(Read的名字) 2 FLAG, 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 ...
Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first 10 lines on your terminal after typing "head ...
sam/bam 是一种序列比对格式标准,由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。通常是把FASTQ文件格式的测序数据比对到对应的参考基因组版本得到的。 header 部分 sam 分为两部分,注释 ...
Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件 ...
shell脚本是UNIX格式,在修改其中内容时,务必保持UNIX格式。UE编辑器打开时,会询问是否转为DOS格式,请点否。如果修改完成后,不能确认是否为DOS格式,可以使用UE文件菜单下的Conversions转换为UNIX格式。 在Linux下可以是用“cat –A filename”来查看 ...
主要使用到的Java类有:javax.xml.bind.JAXBContext,javax.xml.bind.Marshaller(编排) 代码主要展示如下: 测 ...