http://homer.salk.edu/homer/ 【怪毛匠子-整理】 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013 | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具。之前在分析clip-seq分析时 ...

转录因子motif是一些很短的模序（~10bp），在大基因组里很容易出现随机比对，而且是以position weight matrix (PWM)格式来呈现，说明它的可变性，因此研究motif有哪些binding区域是没有意义的，因为很难找到一个方法（阈值）来判断真正的比对和随机的比对 ...

主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 - 现在最新版要收费了 motif格式问题 我关注的这个motif ...

类似篇：转录因子motif TSS区域富集分析 | motif enrichment | HOMER | FIMO | MEME 一个新的领域，现在我关注的是可变剪切调控因子，如PTBP1，它们有特定的RNA结合motif，类似TF。 相同点： 都是蛋白质的序列结合区域 ...

citup软件 https://github.com/amcpherson/citup 安装需要conda环境 首先要将citup的安装包路径放到conda的默认channel里 然后安装cplex依赖，直接安装的话也比较麻烦，因为cplex也有很多依赖，所以我们也把ceplx ...

最近在学习软件分析相关知识的过程中，很多老师都推荐了Soot这个代码分析工具，所以我就去学习了一下soot的基本用法。soot项目在github上的地址为：https://github.com/Sable/soot 1.Soot简介 soot是java优化框架，提供4种中间代码来分析和转换 ...

1.本人刚开始安装的时候，先下载相关的软件包，然后安装installtion中的方法安装， 运行的时候老是报错。根据错误提示安装解决方法。也参考了其他的笔友的一些建议， 发现特别麻烦，后来无意中发现有小伙伴用bioconda来安装，一个命令，简单快捷。 2.bioconda安装HTSeq ...

Network Motif 文献调研 概述：Network motifs，可以认为是网络中频繁出现的子图模式，是复杂网络的"构建块"。有两篇发表在science上的论文给出motif比较权威的解释：① MILO, Ron, et al将motifs描述为：recurring ...