原文:chip-seq数据分析中peak-calling软件-------MACS的安装

.下载MACS软件安装包 作者的系统为Ubuntu 网址链接:http: liulab.dfci.harvard.edu MACS .解压文件: tar zxvf MACS .tar.gz .更改文件夹的名字 个人习惯 mv MACS . MACS .进入到MACS软件包 cd MACS .利用超级权限进行安装 这样做的话,好像不用自己再添加环境变量 sudo python setup.py i ...

2017-06-13 10:55 0 1616 推荐指数:

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ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程

补充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,虽然可以完成任务,但是数据量一多,批次多起来,就非常难管理。 既然别人提供了这么好的流程,那就要用起来,管理起来不是一般的轻松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装 ...

Tue Dec 10 17:57:00 CST 2019 0 1272
homer进行motif分析 ChIP-seq

http://homer.salk.edu/homer/ 【怪毛匠子-整理】 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013 | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具。之前在分析clip-seq分析时 ...

Thu Dec 27 05:00:00 CST 2018 0 2710
Seq数据分析流程RNA

文章目录 RNA-seq 数据分析流程 相关软件安装 下载数据 sra转fastq格式 数据质控 数据质控,过滤低质量reads,去接头 比对 ...

Wed Jul 07 02:14:00 CST 2021 0 216
ChIP-seq流程结果文件解读

接前面文章:ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 数据分析流程 前面已经把pipeline跑完了,但是关于结果的解读还是不清楚,这里来深入探讨一下。 复习: pipeline:https://github.com/ENCODE-DCC ...

Fri Jun 18 04:21:00 CST 2021 0 305
ChIP-seq技术介绍|易基因

大家好,这里是专注表观组学十余年,多组学科研服务领跑者的易基因。 染色质免疫沉淀后测序(ChIP seq)是一种针对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核小体的全基因组分析技术。由于二代测序技术的巨大进步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪声和更大的覆盖范围 ...

Thu Mar 24 23:50:00 CST 2022 0 829
[Linux] 非root安装Lefse软件及其数据分析

说明 Lefse软件是宏组学物种研究常用软件,一般大家用在线版本即可。但要搭建在Linux集群环境中有点烦,记录一下折腾过程。 安装 这个软件是python2写的,因此假设我已经安装好了较高版本的python2以及pip等工具,在此基础上来安装lefse。 lefse下载地址:https ...

Mon Sep 30 05:09:00 CST 2019 0 424
表观 | Enhancer | ChIP-seq | 转录因子 | 数据库专题

需要长期更新! 参考:生信修炼手册 enhancer的基本概念: 长度几十到几千bp,作用是提高靶基因活性,属于顺式作用原件,DNA作用到DNA,转录因子就是反式,是结合到DNA的蛋白。 1981年,Benerji发现SV40某个140bp的序列可以显著提高血红蛋白融合基因的表达 ...

Thu May 23 08:11:00 CST 2019 0 1817
 
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