原文:使用mothur进行OTU聚类

微生物 S的OTU聚类工具有很多,最常用的就是 usearch cdhit OTU mothur。 这些工具大多都是针对二代测序平台的,usearch的 bit版本是收费的。 如果要跑PacBio的OTU聚类,目前就只能用 mothur 了。 mothur有着非常详细的说明文档 General operations Sequence processing OTU based approaches ...

2017-06-09 15:40 0 4197 推荐指数:

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【转】使用scipy进行层次聚类和k-means聚类

scipy cluster库简介 scipy.cluster是scipy下的一个做聚类的package, 共包含了两类聚类方法: 1. 矢量量化(scipy.cluster.vq):支持vector quantization 和 k-means 聚类方法 2. 层次聚类 ...

Thu Apr 19 00:54:00 CST 2018 0 2241
使用sklearn进行K_Means聚类算法

首先附上官网说明 [http://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.cluster.KMeans.html#examples-usin ...

Tue May 08 20:27:00 CST 2018 0 23398
使用K-means进行聚类,用calinski_harabaz_score评价聚类效果

代码如下: 原来的数据分布图为: k=2时,聚类情况: k=3时,聚类情况: k=4时的聚类效果: k=5时的聚类效果: 不同k值对应的聚类效果折线图: 我们可以看到,k=3时,哪个值最大,效果最好。 ...

Wed Apr 24 03:23:00 CST 2019 0 4354
使用训练好的word2vector进行文本聚类

尝试了使用词频的词表征进行kmeans,效果不好,所以考虑看看使用word2vec的词表征会有什么不同。 1.加载word2vec import gensimmodel = gensim.models.KeyedVectors.load_word2vec_format ...

Fri May 17 02:26:00 CST 2019 0 1885
python用sklearn进行聚类实践

一、聚类方法理论 二、10个聚类方法的汇总 三、各个聚类方法单独运行 1.库安装 首先,让我们安装库。不要跳过此步骤,因为你需要确保安装了最新版本。你可以使用 pip Python 安装程序安装 scikit-learn 存储库,如下所示 ...

Thu May 06 03:03:00 CST 2021 0 7942
在Python中使用K-Means聚类和PCA主成分分析进行图像压缩

各位读者好,在这片文章中我们尝试使用sklearn库比较k-means聚类算法和主成分分析(PCA)在图像压缩上的实现和结果。 压缩图像的效果通过占用的减少比例以及和原始图像的差异大小来评估。 图像压缩的目的是在保持与原始图像的相似性的同时,使图像占用的空间尽可能地减小,这由图像的差异百分比 ...

Thu Apr 09 21:43:00 CST 2020 0 889
 
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