【转录组入门】4：参考基因组和注释文件
作业要求： 在UCSC下载hg19参考基因组，我博客有详细说明，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构，比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作业，截图几个基因的IGV可视化结构！还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构 ...
原文：关于基因组注释文件GTF的解释
GTF文件的全称是gene transfer format，主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢，其实所谓的基因名，基因座等，都只是后来人们给一段DNA序列起的名字而已，还原到细胞中就是细胞核里面的一条长长的染色体 DNA序列 。而这个GTF文件的主要功能，就是指出我们所谓的基因在染色体上的位置 coordinate ，并且还标注了这一段区间的其他信息。 GTF文件我一般喜欢去ensemb ...
2017-06-06 10:44 0 10629 推荐指数：
相关推荐
参考基因组及注释文件下载
从三大核酸数据库NCBI、Ensembl、UCSC 下载参考序列及注释文件 0.人类基因组版本对应关系 NCBI Ensembl UCSC GRCh36 release_52 hg18 ...
用哪个版本的基因组和注释文件好？| 亲测
What Ensembl genome version should I use for alignments? (e.g. toplevel.fa vs. primary_assembly.fa) ...
GRCh38基因组和注释文件探究
ensembl/release91: cat Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf | grep -v "#" | cut -f9 | cut -f1,3,6,8 -d\; | grep gene_biotype | sed -e 's/\"//g' | sed -e 's ...
基因组注释
基因组注释主要包括四个研究方向：重复序列的识别；非编码RNA的预测；基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义：重复序列可分为串联重复序列（Tendam repeat）和散在重复序列 ...
不同的方法从gtf中提取相关基因组信息in R
="gtf") GRanges(txdb) ebg <- transcriptsBy(txdb, ...
初步了解hg19注释文件的内容 | gtf
hg19有哪些染色体？ chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr ...
【基因组注释】ncRNA注释
目录 1. ncRNA 2. 软件 tRNA注释 rRNA注释 其他ncRNA注释 3. 注释 tRNA rRNA snRNA、miRNA等 4. snRNA、miRNA等结果的统计 ...