原文:HDF5 文件格式简介

三代测序下机的原始数据不再是fastq格式了,而是换成了hdf 格式,在做三代数据的分析之前,有必要先搞清楚hdf 这种文件格式 官网的链接如下:https: support.hdfgroup.org HDF HDF 是一种灵活的文件储存格式,它相对其他的文件格式,肯定是有很多的优点,这里就不一一列举了,最值得我们关注的是,在这种格式中,数据是如何储存的。 对于hdf 文件中的数据存储,有两个核心 ...

2017-05-26 11:38 0 3650 推荐指数:

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python读写hdf5及cdf格式文件

Python write and read hdf5 file http://stackoverflow.com/questions/20928136/input-and-output-numpy-arrays-to-h5py http://docs.h5py.org/en/latest ...

Tue Mar 07 04:19:00 CST 2017 0 3185
用python读写HDF5格式文件

用python读写HDF5格式文件 用python读写HDF5格式文件 HDF5介绍 创建HDF5文件 读取HDF5文件 HDF5的group用python读写HDF5格式文件HDF5介绍 HDF(Hierarchical ...

Fri Dec 03 02:52:00 CST 2021 0 1038
pandas HDF5与EXCEL文件

一、HDF5 HDF5是一个备受好评的文件格式,广泛用于存储大量的科学计算数组。很多数据分析的实际工作中困难都在于I/O密集,而不是CPU密集,使用HDF5这样的工具可以大大加速你的应用。它以C库的形式提供,并且具有许多其它语言的接口,包括Java、MATLAB和Python。HDF5中的HDF ...

Thu Apr 16 17:21:00 CST 2020 0 579
hdf5类型文件

HDF---Hierarchical Data Format的简称, hdf5是一种高级的适合大数据存储及层次逻辑数据的存储文件类型,而list及dict是数据类型. 层次结构数据,满足层次存储及索引包括: group------------------像字典 ...

Thu Oct 29 02:19:00 CST 2020 0 635
pandas处理hdf5文件

什么是HDF5 HDF5:Hierarchical Data Format Version 5,对于存储大规模、具有相同类型的数据,HDF5是一种非常不错的存储格式文件后缀名为h5。这种格式文件的存储和读取速度非常快,并且我们可以把HDF5文件看成是一个"目录",它是分层次的,我们来看看 ...

Sun Mar 01 10:01:00 CST 2020 0 1847
matlab创建HDF5文件

一、例子 1、创建写入 testdata = uint8(magic(5)); h5create('my_example.h5','/dataset1',size(testdata)); ...

Mon Apr 20 20:14:00 CST 2020 0 783
VMD可视化hdf5格式的分子坐标文件

技术背景 VMD是分子动力学模拟领域常用的一款可视化软件,可以非常直观方便的展示分子的运动过程。而VMD本身对展现的格式有一定的要求,如果不是常见的rst等类型的坐标文件的话,就需要自己手动去实现一个可视化的插件。这里我们介绍的是通过VMD来可视化hdf5格式的坐标文件——hdf5是量子化学领域 ...

Wed Oct 27 01:40:00 CST 2021 0 280
 
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