后缀树系列二:线性时间内构建后缀树（包含代码实现）
上一篇文章已经介绍了后缀树的前前后后的知识，并且采用各种技巧逼近线性时间了，至于具体怎么操作大家看完之后应该多多少少有点想法了。而之所以将本文跟上一篇文章分开，主要考虑有三： 第一，和在一起文章就会太长了，看的头疼。 第二，理论跟实现本来就有差异，本文中一些具体实现并没有严格遵守 ...
原文：后缀树的线性在线构建-Ukkonen算法
Ukkonen算法是一个非常直观的算法，其思想精妙之处在于不断加字符的过程中，用字符串上的一段区间来表示一条边，并且自动扩展，在需要的时候把边分裂。使用这个算法的好处在于它非常好写，代码很短，并且它是在线的，时间复杂度为 O n ，是后缀树构建算法的佳选。 算法 我们保存当前节点now的位置，以及剩下还没有实际上插入的后缀数量remain。设当前字符串中已插入的字符数量为 n 。 最开始remai ...
2017-05-18 22:17 0 1322 推荐指数：
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声明： 此为 Esko Ukkonen 论文翻译，由于本人才疏学浅，为了使用后缀树来进行DNA匹配，翻译此论文，完全是顺带之举，如有错误，请见谅！同时也是发现网上类似资料都不完整，顾发出翻译原版论文来，仅供学习交流之用。 其实我多想用Latex来翻译排版的，不过为了发出来交流，排版系统也就没有用 ...
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我是好文章的搬运工，原文来自博客园，博主July_，地址：http://www.cnblogs.com/v-July-v/archive/2011/10/22/2316412.html 从Trie树（字典树）谈到后缀树 ...
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系统发育树构建算法和软件
文章转载于 Original 2017-07-08 Berlin 生信百科 （1）距离法 对于UPGMA树现在已经很少见了，我只有在处理SSR数据的时候分析过一次，ME的方法不适用于物种数目较多的时候，计算时间较长。因此在这里以邻接法，NJ（Neighbor-Joining ...
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