第一次写博客,分享一个做的提取基因序列的程序,根据bed文件里的位置信息从基因组里提取序列 源码地址:https://github.com/Liuyuan2018/fastaTools/blob/master/pyGetFasta.py bed文件通常用来保存注释基因信息,BED文件必须的3列 ...
同样的名为read .fa 的fasta文件,里面有若干序列,如: gt r TGAATGCGAACTCCGGGACGCTCAGTAATGTGACGATAGCTGAAAACTGTACGATAAACNGTACGCTGAGGGCAGAAAAAATCGTCGGGGACATTNTAAAGGCGGCGAGCGCGGCTTTTCCG gt r NTTNTGATGCGGGCTTGTGGAGTTCAGCCGATC ...
2017-05-17 22:03 0 1322 推荐指数:
第一次写博客,分享一个做的提取基因序列的程序,根据bed文件里的位置信息从基因组里提取序列 源码地址:https://github.com/Liuyuan2018/fastaTools/blob/master/pyGetFasta.py bed文件通常用来保存注释基因信息,BED文件必须的3列 ...
一、关于程序: FUN:计算FASTA文件中每条序列中G和C的含量百分比,输出最大值及其id INPUT:FASTA格式文件 >seq1 CGCCGAGCGCTTGACCTCCAGCAAGACGCCGTCTGGCACATGCAACGAGCTGTAGCAGAC >seq2 ...
注:该脚本适用于序列不断开的情况 可用一下命令将折行的序列合并为一行 运行脚本 升级版,输入文件是 fasta 格式即可。用 Bio 中的 Seq.IO 解析 fasta 文件, 用 python 的内置函数 count() 的计算速度更快。 ...
文件排序 seq: 产生一系列的数字; man seq查看其具体使用。我们这使用seq产生下游分析所用到的输入文件。 # 产生从1到10的数,步长为1 $ seq 1 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 # 产生从1到10的数,步长为1,用空格分割 ...
1.统计大于号开始的行数或seqkit 工具 Total sequence length 5,759,798,599 Total ungapped length 5,759,798,599 Nu ...
提取fasta文件genome_test.fa中第14号染色体的序列,其内容如下: >chr1 ATATATATAT >chr2 ATATATATATCGCGCGCGCG >chr3 ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT >chr4 ...
一、序列操作: 1.取反向序列 seqkit seq test.fa -r > test_re.fa 2.取互补序列 seq test.fa -p > test_com.fa 3.取反向互补序列 seqkit seq test.fa -r -p > ...