原文:利用KEGG的API获取基因对应的pathway 信息

KEGG 官网提供了API, 可以方便的访问KEGG 数据库中的内容,链接如下: http: www.kegg.jp kegg rest keggapi.html 利用API可以得到某一个基因参与的pathway 信息, 以human 为例 第一步,获取每条pathway具体的描述信息 对应的API为 : http: rest.kegg.jp list pathway hsa 内容如下: 可以看到 ...

2017-05-12 15:43 0 3127 推荐指数:

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KEGG PATHWAY

KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 数据库是一个手工画的代谢通路的集合,包含以下几方面的分子间相互作用和反应网络: 1.新陈代谢 2.遗传信息加工 3.环境信息加工 4.细胞过程 5.生物体系统 6.人类 ...

Mon Mar 16 05:58:00 CST 2020 0 777
基因ID或者基因名,如何拿到对应KEGG通路图?

1、https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2、如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色。 3、结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看对应通路。 ...

Tue Jun 18 19:49:00 CST 2019 0 2759
KEGG Pathway Anonatation

基因的存在情况。 最简单的方法是看公司给的KEGG注释或者直接下载本物种每个基因的注释结果(比如, ...

Sun Jul 16 23:15:00 CST 2017 0 2419
KEGG pathway注释过程

KEGG mapper: 输入:cufdiff生成的差异基因列表(log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01) 目的:在KEGG网站中,利用KEGG mapper工具进行pathway注释。 过程: 1. ID转换:将gene symbol转换 ...

Thu Oct 17 17:30:00 CST 2019 0 477
基因探针富集分析(GSEA)& GO & pathway

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function)、生物学过程(biological process ...

Thu Aug 07 01:18:00 CST 2014 0 4301
android API版本对应的系统版本及Android获取手机和系统版本等信息的代码

学了这么久的Android,竟然一直对其API对应的名称关系一值搞不清楚,现在网上认真看了下资料,转载一个觉得写得不错的作者的文章,记下来: 【背景】 之前折腾android期间,慢慢地知道了,Android的版本,有个API Level,其实就是对应着某个Android发布版本的名称 ...

Sat Sep 27 01:35:00 CST 2014 0 6522
 
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