原文:如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列

在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候,大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的 UTR取,所以只需要提取mRNA 对应的 UTR 区的序列去做分析即可 那么如何提取一个mRNA的 UTR区呢 在UCSC数据库中,提供了 UTR区序列的下载,以人类hg 为例, 利用table browser 浏览器选择对应的序列 链接:http: genome.ucsc.edu c ...

2017-05-03 14:59 0 7404 推荐指数:

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CDS & ORF & 启动子 & 终止子 & 转录因子 & 基因结构 & UTR

ORF和CDS的区别 ORF的英文展开是open reading frame(开放阅读框)。 CDS的英文展开是coding sequences (编码区)。 CDS:DNA转录成mRNA,mRNA经剪接等加工后翻译出蛋白质,所谓CDS就是与蛋白质序列一 一对应的DNA序列,且该序列中间不含 ...

Tue Jan 10 19:43:00 CST 2017 0 4295
转录组入门(5):序列比对

任务列表 比对软件 hisat2的用法 下载index文件 比对、排序、索引 质量控制 载入IGV,截图几个基因 hisat2的用法 ...

Thu Aug 17 06:18:00 CST 2017 0 1159
转录组入门】5:序列比对

作业要求: 比对软件很多,首先大家去收集一下,因为我们是带大家入门,请统一用hisat2,并且搞懂它的用法。 直接去hisat2的主页下载index文件即可,然后把fastq格式的reads比对上去 ...

Sun Jul 01 06:26:00 CST 2018 0 3739
获取基因的所有转录本(不同亚型)的外显子区域

转载地址: https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9361101.html 1. 基因转录本亚型 蛋白质亚型或“蛋白质变体“是一组高度相似的蛋白质成员,这些成员来源于单个基因或基因家族,是遗传差异造成的结果。虽然许多具有相同或相似的生物学作用 ...

Wed Mar 13 01:25:00 CST 2019 0 740
获取基因的所有转录本(不同亚型)的外显子区域

1. 基因转录本亚型 蛋白质亚型或“蛋白质变体“是一组高度相似的蛋白质成员,这些成员来源于单个基因或基因家族,是遗传差异造成的结果。虽然许多具有相同或相似的生物学作用,但一些亚型具有独特的功能。这些高度相似的蛋白质亚型可以由可变剪切(图1)、可变启动子或单基因 ...

Wed Jul 25 01:01:00 CST 2018 0 5663
Opencv2系列学习笔记10(提取连通区域轮廓) 另一个

http://blog.csdn.net/lu597203933/article/details/17362457 连通区域指的是二值图像中相连像素组成的形状。而内、外轮廓的概念及opencv1中如何提取二值图像的轮廓见我的这篇博客:http://blog.csdn.net ...

Tue Mar 01 18:34:00 CST 2016 0 6250
传统候选区域提取方法

BING 论文《BING: Binarized Normed Gradients for Objectness Estimation at 300fps》 南开大学媒体计算实验室,CVPR2014 ...

Sat Sep 02 06:33:00 CST 2017 0 1285
Opencv 提取图像中的矩形区域

采用OPENCV,从一幅图像中提取部分区域,并保存为新图像。 2010-08-04 09:57 2657人阅读 评论(3) 收藏 举报 image 采用OPENCV,从一幅图像中提取部分区域,并保存为新图像。 void ...

Wed Apr 10 06:11:00 CST 2013 0 7999
 
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