GWAS研究中经常涉及到基因座(locus)的概念,下面简要介绍一下批量注释基因到基因座的方法。 1、单个基因注释到基因座 对于单个基因的基因座注释,比较简单,常用的工具有:UCSC Genome Browser、NCBI。 比如UCSC Genome Browser: 还有NCBI ...
首先,进入NCBI的主页网站:https: www.ncbi.nlm.nih.gov variation view 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs 输完后,出现如下结果,箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置,即p ,由于该SNP在 号染色体上,因为我们也写为 p ...
2017-04-12 20:37 0 1686 推荐指数:
GWAS研究中经常涉及到基因座(locus)的概念,下面简要介绍一下批量注释基因到基因座的方法。 1、单个基因注释到基因座 对于单个基因的基因座注释,比较简单,常用的工具有:UCSC Genome Browser、NCBI。 比如UCSC Genome Browser: 还有NCBI ...
到底什么是eQTL? eQTL和QTL之间有什么联系?为什么说QTL比eQTL难很多? QTL和GWAS有什么关系? GTEx数据库里的eQTL数据如何利用? 说eQTL之前必须先解释QTL,QTL,一说到中文名就清楚了,数量性状位点,就是一个性状,比如身高,会由成百上千个基因来决定 ...
meQTL.pl matrix_meQTL.r readme.txt plot_boxplot.r ...
目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh ...
1 步骤和说明 NCBI官方说明 点此处打开提交基因组页面 以下例子:纯菌的基因组草图用于新菌鉴定。 1.1 提交基因组数据到 NCBI 需要什么? .fsa 格式的基因组数据; fsa 就是用公司返回的 .sqn 的数据改为 .fsa 后缀,里面是 fasta格式 ...
本文关于如何在 NCBI 的 FTP 里下载需要的基因组数据。 已知信息 例如:我从文献里看到作者测了 Escherichia coli ATCC 25922 的基因组,想从NCBI下载。 原文提供的信息是: This Whole Genome Shotgun ...
首先,进入千人基因组数据库的网站:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/ 如下图所示,在数据库的框框里输入我们感兴趣的SNP,比如rs608139 搜索后出现如下界面,黄色区域是我们感兴趣的SNP,红色框框 ...
之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...