原文:NCBI上查看SNP位点在哪个基因座上(locus)

首先,进入NCBI的主页网站:https: www.ncbi.nlm.nih.gov variation view 进入后,在下图红色框框位置输入目的SNP,比如rs 输完后,出现如下结果,箭头指向的是该SNP当前所在基因座的位置,即p ,由于该SNP在 号染色体上,因为我们也写为 p ...

2017-04-12 20:37 0 1686 推荐指数:

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批量注释基因基因座上(map gene to locus)

GWAS研究中经常涉及到基因座locus)的概念,下面简要介绍一下批量注释基因基因座的方法。 1、单个基因注释到基因座 对于单个基因基因座注释,比较简单,常用的工具有:UCSC Genome Browser、NCBI。 比如UCSC Genome Browser: 还有NCBI ...

Tue Sep 07 04:54:00 CST 2021 0 111
如何从vcf文件中批量提取一系列基因SNP点?

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因点,想从重测序的群体材料中找到这些点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh ...

Sun Mar 14 07:04:00 CST 2021 0 1430
如何到NCBI提交基因

1 步骤和说明 NCBI官方说明 点此处打开提交基因组页面 以下例子:纯菌的基因组草图用于新菌鉴定。 1.1 提交基因组数据到 NCBI 需要什么? .fsa 格式的基因组数据; fsa 就是用公司返回的 .sqn 的数据改为 .fsa 后缀,里面是 fasta格式 ...

Thu Mar 29 22:38:00 CST 2018 0 6181
如何从NCBI下载基因组数据

本文关于如何在 NCBI 的 FTP 里下载需要的基因组数据。 已知信息 例如:我从文献里看到作者测了 Escherichia coli ATCC 25922 的基因组,想从NCBI下载。 原文提供的信息是: This Whole Genome Shotgun ...

Fri Nov 24 17:59:00 CST 2017 0 9524
SNPEFF snp注释 (添加自己基因组)

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
 
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