由于基因组数据过大，想进一步用R语言处理担心系统内存不够，因此想着将文件按染色体拆分，发现python，awk，R 语言都能够非常简单快捷的实现，那么速度是否有差距呢，因此在跑几个50G的大文件之前，先用了244MB的数据对各个脚本进行测试，并且将其速度进行对比。 首先是awk处理 ...

版权声明：本文为博主原创文章，转载请注明出处     R语言data.table包是自带包data.frame的升级版，用于数据框格式数据的处理，最大的特点快。包括两个方面，一方面是写的快，代码简洁，只要一行命令就可以完成诸多任务，另一方面是处理快，内部处理的步骤进行了程序上的优化 ...

，可多种几款流程比较。 实际上SV结果中会包含CNV，但往往会把CNV单独拿出来分析。 ...

目录 肿瘤基因组分析 肿瘤标准分析 高级分析 肿瘤数据库 肿瘤基因组分析 肿瘤进化过程 基本概念：germline/somatic/driver/passenger mutation 二次打击学说：生殖突变+体细胞突变 主要 ...

WGS(Whole Genome Sequencing) 指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA，检测并排列，此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。 对于人类来说，全基因组测序的价值是极大的，它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性，当然也意味着更大的数据解读 ...

WGS数据分析目的：检测出每个样本基因组中的变异集合（不同样本中的差异序列）WGS数据分析流程分为三步：原始数据质控 -> 数据预处理 -> 变异检测1.原始数据质控阶段：拿到原始测序数据 -> QC过滤低质量的read数据2.数据预处理阶段：read比对 -> sort ...

R语言处理大规模数据速度不算快，通过安装其他包比如data.table可以提升读取处理速度。 案例，分别用read.csv和data.table包的fread函数读取一个1.67万行、230列的表格数据。 参考资料： R语言data.table速查（博客园 ...

WGS(Whole Genome Sequencing) 指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA，检测并排列，此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。 对于人类来说，全基因组测序的价值是极大的，它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性，当然也意味着更大的数据解读 ...