用“limma”进行差异表达分析
1.概述 矩阵 函数 表达矩阵 lmFit 分组矩阵 eBayes 差异比较矩阵 topTable 2.读取表达矩阵： 得到表达 ...
原文：limma package计算差异表达
test.txt:文件格式： gene TCGA M AB A R A TCGA M AB A R A TCGA B A TK A R A D TCGA B A TN A R A P A LD A M AADACL AADAT pheno.txt文件格式： TCGA M AB A R A aTCGA M AB A R A bTCGA B A TK A R A D bTCGA B A TN A R ...
2017-03-17 09:35 0 2025 推荐指数：
相关推荐
R语言——limma包进行多组差异表达分析
目录 1. 加载表达矩阵 2. 创建样本分类表 3. 加载limma包，构建如下矩阵 4. 规定哪一组数据与哪一组数据比较 5. 获取差异表达数据 6. 导出差异表达数据 1. 加载表达矩阵 2. 创建样本分类表 获得类似 ...
limma, edgeR, deseq2,genefilter计算差异R包的foldchange方法差别
差异计算对应生信分析非常重要 limma,genefilter 包计算差异,数据一定要转log, 因为 这两个包计算差异使用的方法是 mean(As)-mean(Bs) , 也计算是 logAmean-logBmean = log(Amean/Bmean) 这也 ...
简单使用limma做差异分析
简单使用limma做差异分析 Posted: 五月 12, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 首先需要说明的是，limma是一个非常全面的用于分析芯片以及RNA-Seq的差异分析，按照其文章所说： limma ...
RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析
RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析 差异分析的步骤：1）比对；2） read count计算；3） read count的归一化；4）差异表达分析； 背景知识：1）比对：普通比对： BWA，SOAP开大GAP比对：Tophat（Bowtie2）；2） Read count(多重比对 ...
差异表达分析之FDR
差异表达分析之FDR 随着测序成本的不断降低，转录组测序分析已逐渐成为一种很常用的分析手段。但对于转录组分析当中的一些概念，很多人还不是很清楚。今天，小编就来谈谈在转录组分析中，经常会遇到的一个概念FDR，那什么是FDR?为什么要用FDR呢?一起来学习吧！ 什么是FDR ...
DESeq2包：差异表达分析
...
转录组差异表达分析小实战（二）
转录组差异表达分析小实战（二） Posted: 八月 14, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 差异基因表达分析 我按照前面的流程转录组差异表达分析小实战（一），将小鼠的4个样本又重新跑了一遍，从而获得一个新 ...