原文:寻找与疾病相关的SNP位点——R语言从SNPedia批量提取搜索数据

SNP是单核苷酸多态性,人的基因是相似的,有些位点上存在差异,这种某个位点的核苷酸差异就做单核苷酸多态性,它影响着生物的性状,影响着对某些疾病的易感性。SNPedia是一个SNP调査百科,它引用各种已经发布的文章,或者数据库信息对SNP位点进行描述,共享着人类基因组变异的信息。我们可以搜索某个SNP位点来寻找与之相关的信息,也可以根据相关疾病,症状来寻找相关的SNP。 初次使用SNPedia S ...

2017-03-08 18:30 7 3417 推荐指数:

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如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因,想从重测序的群体材料中找到这些,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh ...

Sun Mar 14 07:04:00 CST 2021 0 1430
(史上最全)SNP与转录因子结合特异性数据库:GVATdb

众所周知,全基因组关联分析(GWAS)发现的很多变异位基本为非编码,这些变异位1)要么调控基因表达(eQTL); 2)要么影响增强子活性; 3)要么影响转录因子(TF)结合特异性; 4)要么啥也不是。 针对以上四种情况: 1)是否调控基因表达(eQTL)可通过GTEx(https ...

Sat Feb 06 04:53:00 CST 2021 0 550
Fast特征寻找提取

一、基础 最初由Rosten和Drummond [Rosten06]提出的FAST(加速段测试的特征)特征检测算法是基于将P与其包围圆内的点集的直接比较的思想。 基本思想是,如果附近的几个与P类似,那么P将成为一个很好的关键P是FAST算法的关键候选者。 影响P分类的的圈 ...

Fri Sep 15 21:27:00 CST 2017 0 1190
R语言从小木虫网页批量提取考研调剂信息

一、从URL读取并返回html树 1.1 Rcurl包 使用Rcurl包可以方便的向服务器发出请求,捕获URI,get 和 post 表单。比R socktet连接要提供更高水平的交互,并且支持 FTP/FTPS/TFTP,SSL/HTTPS,telnet ...

Thu Feb 23 05:40:00 CST 2017 3 1401
R语言相关数据

如何使用R内置的数据R在datasets包中提供了100多个可以使用的数据集|通过data()函数加载入内存 data() dim(data()$results) data()$results data()$results[,4] 向量 ...

Mon Jan 25 07:49:00 CST 2016 0 2832
 
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