详见:http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初学者(最好还是懂得基本的linux使用),高手可直接忽视。不介绍Windows系统中的安装方法 ...
如何下载NCBI blast数据库 有哪些可供下载的blast数据库 blast如何使用 blast构建索引 makeblastdb makeblastdb in mature.fa input type fasta dbtype nucl title miRBase parse seqids out miRBase logfile File Name in 后接输入文件,你要格式化的fasta ...
2017-02-21 18:38 0 25098 推荐指数:
详见:http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初学者(最好还是懂得基本的linux使用),高手可直接忽视。不介绍Windows系统中的安装方法 ...
Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF所有非冗余的的GenBank CDS区 ...
速来围观!——三种NCBI常见数据库 在微生物测序分析中,常常需要对未知的核酸或蛋白序列进行物种,功能或类别注释。注释方法种类较多,其中最常用的是与一些标准数据库进行相似性搜索,也就是序列比对。因此,数据库的优劣对注释结果至关重要。本期小编为大家带来的是NCBI上的三个重要的数据库 ...
,但是我需要用自己的FASTA文件搭建数据库 搭建数据库 创建数据库文件 移动要构建数据库的F ...
1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein ...
基本局部比对搜索工具 (BLAST) 可查找两个序列之间具有局部相似性的区域。该程序将核苷酸或蛋白质序列与序列数据库进行比较,并计算匹配的统计显着性。BLAST 可用于推断序列之间的功能和进化关系,以及帮助识别基因家族的成员。 下载与安装 下载地址:https ...
以后打算工作中用到的相关BLAST操作全部用BLAST+来完成 与以前的Blast相以,我们还是从格式化数据库到比对开始 一般我们是有一个fasta文件用来格式化数据库,以前的命令是formatdb,现在是makeblastdb 一般用到的格式如下: makeblastdb ...
mysql索引 使用索引是提高数据库查询效率的主要方式,下面从索引结构,索引类型,索引操作,命中索引几个方面来介绍索引。 一、索引结构 mysql5.5以上的默认存储引擎innodb,只显式支持BTree( 事实上从数据结构上来讲是B+树,mysql称之为BTree ...