原文:[samtools] sam格式与bam格式互换,提取未匹配reads,转为fastq

Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first lines on your terminal after typing head test.sam , should be lines starting with an sign, which is an in ...

2017-02-21 16:12 0 5145 推荐指数:

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bam/sam格式说明

SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔(\t),从左到右分别是: 1 QNAME,序列的名字(Read的名字) 2 FLAG, 概括出一个合适的标记,各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比对的末端 ...

Fri Apr 08 17:24:00 CST 2016 0 6291
bam/sam 文件格式详解

sam/bam 是一种序列比对格式标准,由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。通常是把FASTQ文件格式的测序数据比对到对应的参考基因组版本得到的。 header 部分 sam 分为两部分,注释 ...

Tue Jun 01 01:27:00 CST 2021 0 1389
5、bam格式转为bigwig格式

1、Bam2bigwig(工具) https://www.researchgate.net/publication/301292288_Bam2bigwig_a_tool_to_convert_bam ...

Thu Jun 15 23:11:00 CST 2017 0 2348
文件格式——Sam&bam文件

Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件 ...

Wed May 03 19:38:00 CST 2017 0 12667
SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

【怪毛匠子 整理】 samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM ...

Thu Dec 27 17:35:00 CST 2018 0 6697
SAM格式 及 比对工具之 samtools 使用方法

参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解(博客园) SAM格式定义(博耘生物) samtools使用方法 ...

Tue Jun 21 21:47:00 CST 2016 0 6887
FASTQ格式

FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式。为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码。最初由Wellcome Trust Sanger Institute(桑格研究所)开发用于捆绑FASTA格式的序列和其碱基 ...

Tue May 01 00:36:00 CST 2018 0 4135
SAM格式

SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。 不同的软件,不同的时期,不同的研究方向,都会创建一种或者多种格式标准,当然根据当时的需要,创建符合需求的标准,也是最容易 ...

Thu Oct 25 18:13:00 CST 2012 1 8140
 
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