原文:基因表达量表示方法 RPKM VS FPKM VS TPM

之前不是很理解这两个概念,看了本文之后就差不多理解了。 基因组学技术专题 二 :为什么说FPKM RPKM是错的 转自:安诺基因 我们都知道RNA seq是通过NGS技术来检测基因表达量的测序方法。在衡量基因表达量方面,若是单纯以比对到参考基因的Reads个数 我们通常称之为Count值 来衡量基因的表达量,在统计上是一件相当不合理的事。今天就为大家介绍一下衡量基因表达量的RPKM和FPKM两种方 ...

2017-02-15 16:24 0 1485 推荐指数:

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FPKM/RPKM以及TPM的理解

FPKM/RPKM以及TPM的理解 2018年07月03日 16:05:53 sixu_9days 阅读数:559 标签: FPKM/RPKMTPMRNA-Seq 更多 个人分类: RNA-Seq ...

Thu Oct 18 18:49:00 CST 2018 0 949
转录组表达量计RPKMFPKMTPM说明

在转录组测序(RNA-Seq)中,基因表达量是我们关注的重点。基因表达量的衡量指标有:RPKMFPKMTPMRPKM:Reads Per Kilobase Million;说实话,这个英文说明真的很费解,其实可以理解为“Reads Per Kilobase Per Million ...

Sat Apr 28 06:03:00 CST 2018 0 31657
【生物信息】RPKM, FPKMTPM

注:这几个名词是RNA-Seq数据分析中的基础,在此小结一下。 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行标准化(normalization)是一个极其重要的步骤,因为落在一个基因区域內的read counts数目取决于基因长度和测序深度。很容易理解:一个基因 ...

Mon Jul 06 23:38:00 CST 2020 0 6012
RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 计算对比

在分析了若干转录组之后发现,处理数据的时候最重要的不是技巧多么绚丽,你调包的能力有多么强。而是把基本的概念特别是统计和数学上的方法咬烂嚼吐,才是真正理解和掌握了分析数据的底层原理: 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行normalization是一个 ...

Fri Jul 06 05:50:00 CST 2018 0 914
TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗?

TPM、read counts、RPKM/FPKM你选对了吗? 已有 3940 次阅读 2017-12-15 15:04 |个人分类:RNA-seq|系统分类:科普集锦|关键词:RNA-seq| RNA-seq 本文转载自嘉因微信公众号,已获得授权。查看最新文章,敬请 ...

Fri Oct 19 05:37:00 CST 2018 0 1316
如何获得FPKM/RPKM计算需要的基因长度(考虑exon之间的overlap)

版权声明:本文为博主原创文章,转载请注明出处 这里我们跟Cufflinks的原理一致,使用总的外显子长度,并且去除过多的重叠的外显子的部分。使用R语言,输入为基因的GTF文件 包的安装 依赖data.table, IRanges,rtracklayer 代码 结果文件 ...

Thu Mar 19 18:27:00 CST 2020 0 1890
文本的向量表示

文本的向量表示 1. 为什么需要文本的表示? 文字是人类认知过程中产生的高层认知抽象实体,我们需要将其转换为数字向量或矩阵作为机器学习算法模型以及神经网络模型的标准输入输出。 2. 词袋模型(Bag-of-words) Bag-of-words模型是信息检索领域常用的文档表示方法 ...

Tue May 26 18:39:00 CST 2020 0 936
 
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