统计 fasta 文件序列长度及 GC 含量
注：该脚本适用于序列不断开的情况 可用一下命令将折行的序列合并为一行 运行脚本 升级版，输入文件是 fasta 格式即可。用 Bio 中的 Seq.IO 解析 fasta 文件， 用 python 的内置函数 count() 的计算速度更快。 ...
原文：统计 fastq 文件 q20 , GC 含量的软件
二代测序的分析过程中，经常需要统计原始下机数据的数据量，看数据量是否符合要求 另外还需要统计q ,q ,GC含量等反应测序质量的指标 在kseq.h 的基础上稍加改造，就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能，而且速度非常的快 源代码保存为 parse.c , 然后编译 gcc o fastq stat parse.c lz ...
2017-02-14 14:56 6 2483 推荐指数：
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