过滤 SOAPnuke:华大自主开发的一款针对fastq文件的过滤软件。 HTSeq-count:一款用于reads计数的轻便软件,作者介绍说可以用于多种mapping软件的输出结果,而我则用于t ...
数据库 ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high throughput sequencing data. 基因组变异数据的功能注释,人重必用 KEGG:a database resource for understanding high level functions and utilities of the biol ...
2017-02-13 12:56 0 4764 推荐指数:
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生物信息数据库 搜遍全网都找不到一个开发生物信息数据库的教程。 其实有些数据库的工作量并不大,只是把线下的一些分析结果上传到服务器上,供用户搜索而已。 网站上可视化的对象只有两个:表格和图片。 一些稍微复杂的结果就是network,这个有现成的插件可以实现,比较简单。 开发流程 ...
常用 SQL Server 规范集锦 来源:静逸 链接:www.cnblogs.com/liyunhua/p/4534442.html 常见的字段类型选择 1.字符类型建议采用varchar/nvarchar ...
想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算 ...
NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源。NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMed ...
生物数据库 生物数据库是收集自科学实验、出版文献、高通量实验技术和计算分析等生命科学信息库,它包含来自基因组学、蛋白质组学、代谢组学、微阵列基因表达和系统发育学等领域的信息。 生物数据库大致可分为序列、结构和功能数据库。序列数据库储存核酸和蛋白质序列;结构数据库储存 ...
序列相关 密码子表达优化:Jcat 核酸翻译为蛋白:Translate 序列比对和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比对的作图 ...
生物信息学分析在线软件集锦 序列相关 密码子表达优化:Jcat 核酸翻译为蛋白:Translate 序列比对和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast,HMMER,HHblits 序列比对的作图 ...