目录 前言 四个SNP集 hapmapSNPs tagSNPs fixedSNPs barcodeSNPs hapmap ...
R基因的表观调控控制水稻稻瘟病抗性与水稻产量平衡 名词解析 . 写在前面 上海植生所何祖华老师实验室最新 月 日 发表在Science上的这篇文章短小精悍地讲了水稻一个locus上的两个基因通过蛋白水平的竞争协同控制水稻稻瘟病抗性和水稻产量平衡的故事。 一 摘要 在作物育种中,抗病和粮食产量的平衡至关重要。现实情况是单一的抗病基因 通常为R基因 很容易被病菌攻克,且过多引入R基因很可能影响粮食产量 ...
2017-02-08 23:27 0 1580 推荐指数:
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基因调控网络的概念在之前已经简要介绍过:https://www.cnblogs.com/pear-linzhu/p/12313951.html 沃丁顿表观遗传景观(The Waddington's epigenetic landscape) 是描述基因调控下细胞分化的动态性的一个经典的隐喻 ...
RNA-seq这个工具该什么时候用?ATAC-seq该什么时候用?有相当一部分项目设计不行,导致花大钱测了一些没有意义的数据。 还是在中心法则这个框架下来解释,这是生物信息的核心。打开华大科技服务官网梳理一下现在到底都有些什么测序技术: 全基因组测序和重测序 - 组装以及寻找变异 ...
了Plink的格式来给我们在线储存SNP的信息,可以理解毕竟3025个水稻的全基因组SNP,怎么算都不是个小数 ...
随着抗生素药物的发现及使用,越来越多的耐药菌株由此产生。而耐药菌株的发展则会增加疾病治疗的难度和成本,因此耐药微生物的研究则显得尤为重要。目前,通过对耐药基因的鉴定挖掘能够一定程度上帮助我们揭开耐药机制,为疾病的治疗、药物研发提供参考。ARDB是最先整合了各种微生物中抗药基因的数据库,但它 ...
GENIE3 GENIE3(GEne Network Inference with Ensemble of trees), 使用基于树的集成学习算法,来通过基因表达数据来推断基因调控网络。 小知识点: GENIE3末尾的3并不是指GENIE的第三版本,而是因为通过法语口音来发音的话 ...
最近需要绘制基因调控网络,选择了python语言中比较popular的networkx包,先上目前结果图: 节点是基因或者其他实体,边代表调控关系,黑色的边代表抑制,红色的边代表激活,红色的节点代表自我激活,黑色的节点代表自我抑制。 绘制的关键点:边可以有不同的颜色,指向符号可以修改 ...
本文为入门级的基因调控网络文章,主要介绍一些基本概念及常见的GRN模型。 概念:基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN),简称调控网络,指细胞内或一个基因组内基因和基因之间的相互作用关系形成的网络,特指基因调控 (gene regulation) 导致基因 ...