原文:基因家族收缩和扩张分析 & Selective loss pathway & 泛基因组

套路 这通常就是基因组组装后的必做分析,通过比较基因组学的手段进行分析,可以知道所研究物种在进化过程中哪些核心基因家族发生了变化,从而导致了其特殊的适应性机制的形成。 参考: Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade unique prote ...

2017-01-17 13:07 0 4354 推荐指数:

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基因组分析方案

目录 一、研究内容 1.比较基因组分析 2. 核心基因/非必需基因分析 基因组大小模拟 核心基因/非必需基因功能富集 核心基因/非必需基因保守性分析 核心基因/非必需基因与重复序列相关性 ...

Fri Jul 23 07:30:00 CST 2021 0 279
基因组测序及分析

基因组测序: 浓度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA两次需要量>=3ug 宏基因组测序需要提供什么样品要求? (1)提供环境微生物的基因组DNA或者扩增产物,OD值在1.8 ...

Wed Aug 02 05:39:00 CST 2017 0 1129
GWAS全基因组关联分析

出处:bilibili 关联分析(Association):在交易数据、关系数据或其他信息载体中 ...

Sun Jun 13 23:55:00 CST 2021 0 4672
基因组注释

基因组注释主要包括四个研究方向:重复序列的识别;非编码RNA的预测;基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义:重复序列可分为串联重复序列(Tendam repeat)和散在重复序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
参考基因组

参考基因组版本命名参考基因组联盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配,纠正,增加基因组序列,以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
动物基因组与植物基因组基本差异

植物vs动物总结版: 简述高等植物基因组(可以以拟南芥和水稻基因组为例)与高等动物基因组(可以以人类、果蝇等基因组为例)在基因结构层面展示出来的基本差异。 高等植物基因组与高等动物基因组基因结构上的基本差异主要是生命学的第一困境,即复制-转录负载困境。 机制: 1.从平衡流 ...

Fri Dec 20 00:01:00 CST 2019 0 1047
NextDenovo 组装基因组

NextDenovo 是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT,Pacbio, HIFI (默认参数可对60-100X数据更有效),可通过correct--assemble对其进行组装。组装后, ...

Fri Jan 22 22:52:00 CST 2021 0 456
 
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