原文:三代测序数据分析软件Canu的安装和使用(连载1)

一 Linux服务器安装canu . 下载canu 版本canu . 首先打开Canu安装包下载网页:https: github.com marbl canu releases 下载Source code并上传到服务器上: . 解压文件 编译 按照一下安装步骤安装即可: . 设置环境变量 安装完成后,添加环境变量: vi .bash profile export PATH public your ...

2017-01-13 10:51 0 4515 推荐指数:

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scRNA-seq单细胞测序数据分析工具汇总

本文总结自一篇综述: Computational approaches for interpreting scRNA-seq data 单细胞分析分为两个层次: cell level gene level Tools for the visualization ...

Thu Jul 13 02:13:00 CST 2017 0 6366
一 二 三代测序技术

在日常的科研中我们时不时的会听到小伙伴们在讨论那些关于测序的东西,什么高通量测序,二测序,Sanger测序等等。今天我们就用最简单的言语来讲解一下这三种测序技术。 一测序技术,也被称为Sanger测序,其实是由一个叫Sanger的人发明的一种测序方式。其利用了双脱氧核苷酸会终止PCR的原理 ...

Sun May 19 18:37:00 CST 2019 0 1069
三代测序

三代测序 6.1 三代测序就是指单分子测序。 对于三代测序,存在多种定义。我们采用其中最简单易懂的那种。此种定义之下的三代测序技术,原本三足鼎立,不幸最早出现的Helicos早早谢幕,后来虽有科学家出大力进行挽救,也没有抢救成功,以致如今剩下Nanopore和PacBio双雄并峙。 三代 ...

Tue Sep 22 02:09:00 CST 2020 0 809
三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估

三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估 2018-04-04 12:13 名词解释 1D:ONT平台仅测一个DNA分子的一条链,测序通量比2D高但准确率低于2D序列。 2D:bi-directional reads即ONT平台测DNA分子的正负两链 ...

Tue May 14 23:46:00 CST 2019 0 1286
[Linux] 非root安装Lefse软件及其数据分析

说明 Lefse软件是宏组学物种研究常用软件,一般大家用在线版本即可。但要搭建在Linux集群环境中有点烦,记录一下折腾过程。 安装 这个软件是python2写的,因此假设我已经安装好了较高版本的python2以及pip等工具,在此基础上来安装lefse。 lefse下载地址:https ...

Mon Sep 30 05:09:00 CST 2019 0 424
《全基因组测序WGS数据分析——1.DNA测序技术》学习笔记

WGS(Whole Genome Sequencing) 指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA,检测并排列,此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。 对于人类来说,全基因组测序的价值是极大的,它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性,当然也意味着更大的数据解读 ...

Tue Jun 29 19:59:00 CST 2021 0 161
三代测序技术简介

三代测序技术是指单分子测序技术,在测序过程中不需要涉及PCR扩增,实现了对每一条DNA分子的单独测序三代测序技术具有超长读长,还拥有不需要模板扩增、运行时间较短、直接检测表观修饰位点、较高的随机测序错误等特点。它弥补了第二测序读长短、受GC含量影响大等局限性,已在小型基因组从头测序和组装中有 ...

Thu Sep 06 05:10:00 CST 2018 0 8139
 
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