在生物信息学分析中,经常对DNA序列进行一系列操作,包括子序列截取,互补序列获取,反向序列获取,反向互补序列获取。在python语言中,可编写如下函数完成这些简单功能。 子序列截取 python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: 注意,切片操作 ...
代码如下: 这是将从一个txt文件中导入序列,然后将互补后的结果输出到另外一个文件中。 如果一个段序列不长,直接中python交互式界面完成感觉更方便 先定义的一个字典: complement C : G , G : C , T : A , A : T 然后 for i in list seq : rev dna complement i rev dna rev dna :: print rev ...
2017-01-11 12:42 0 2648 推荐指数:
在生物信息学分析中,经常对DNA序列进行一系列操作,包括子序列截取,互补序列获取,反向序列获取,反向互补序列获取。在python语言中,可编写如下函数完成这些简单功能。 子序列截取 python中对序列截取使用字符串切片功能就可以完成,例如: 注意,切片操作 ...
All DNA is composed of a series of nucleotides abbreviated as A, C, G, and T, for example: "ACGAATTCCG". When studying DNA, it is sometimes useful ...
用 python 实现如下: 运行结果: ...
一、问题描述 该问题在算法导论中引申自求解两个DNA序列相似度的问题。 可以从很多角度定义两个DNA序列的相似度,其中有一种定义方法就是通过序列对齐的方式来定义其相似度。 给定两个DNA序列A和B,对齐的方式是将空格分别插入到A和B序列中,得到具有相同长度的对齐后的序列C和D;空格可以插入 ...
生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局 ...
PHP 数组函数,这两个以前 没用到,现在看起来挺有用array_slice — 从数组中取出一段array_splice — 把数组中的一部分去掉并用其它值取代array_slice(PHP 4, PHP 5, PHP 7)array_slice — 从数组中取出一段说明 array ...
生物信息学原理作业第四弹:DNA序列组装(贪婪算法) 原理:生物信息学(孙啸) 大致思想: 1. 找到权值最大的边; 2. 除去以最大权值边的起始顶点为起始顶点的边; 3. 除去以最大权值边为终点为终点的边; 4. 重复上述步骤,得到所有 ...
http://www.cnblogs.com/itdyb/p/5731804.html 一开始我是这样写的,据说这样写python2是可以的: myList = [-1,2,-3,4,-5,6] absList = map(abs, myList ...