基因组的外显子探究
这是我们论坛上的一个题目：生信编程直播第一题：人类基因组的外显子区域到底有多... 外显子组的序列仅占全基因组序列的1%左右，但大多数与疾病相关的变异位于外显子区。通过外显子组测序可鉴定约8万个变异，全基因组测序可鉴定300万个变异，因此与全基因组测序相比，外显子组测序不仅费用较低，数据阐释 ...
原文：计算基因组外显子长度
下载基因组外显子信心 网站ftp: ftp.ncbi.nlm.nih.gov pub CCDS current human wgetftp: ftp.ncbi.nlm.nih.gov pub CCDS current human CCDS.current.txt 运行下列代码 得到外显子大约 M import re import os from collections import Ordere ...
2017-01-09 23:51 0 1375 推荐指数：
相关推荐
基因组测序、外显子测序和靶向测序有什么样的区别，如何选择？
自从第一代测序技术Sanger测序发明以来，使得人们可以不断在单碱基水平研究各物种的基因组序列。由于Sanger测序价格昂贵，测序通量低等劣势，2005年左右二代测序相继被开发出来，极大地降低了测序的价格和提升了测序的通量。现在测一个人的基因组序列，只需不到1000美元。 测序 ...
获取基因的所有转录本（不同亚型）的外显子区域
转载地址： https://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9361101.html 1. 基因转录本亚型 蛋白质亚型或“蛋白质变体“是一组高度相似的蛋白质成员，这些成员来源于单个基因或基因家族，是遗传差异造成的结果。虽然许多具有相同或相似的生物学作用 ...
获取基因的所有转录本（不同亚型）的外显子区域
1. 基因转录本亚型 蛋白质亚型或“蛋白质变体“是一组高度相似的蛋白质成员，这些成员来源于单个基因或基因家族，是遗传差异造成的结果。虽然许多具有相同或相似的生物学作用，但一些亚型具有独特的功能。这些高度相似的蛋白质亚型可以由可变剪切（图1）、可变启动子或单基因 ...
参考基因组
参考基因组版本命名参考基因组联盟（Genome Reference Consortium），它是由 NCBI，EBI，桑格研究所等机构组成。GRC 利用最佳的技术装配，纠正，增加基因组序列，以此作为在生信分析领域作为参考的基因组。人基因组官名叫 GRCh38 （Genome ...
基因组注释
基因组注释主要包括四个研究方向：重复序列的识别；非编码RNA的预测；基因结构预测和基因功能注释。我们将分别对这四个领域进行阐述。 1 重复序列的识别。 1.1 重复序列的研究背景和意义：重复序列可分为串联重复序列（Tendam repeat）和散在重复序列 ...
全基因组关联分析（GWAS）的计算原理
前言 关于全基因组关联分析（GWAS）原理的资料，网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程，却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。我一顺口就答应了。 后面一直很懒，不愿意动笔，但想着既然答应了，不写说不过去。 我写 ...
NextDenovo 组装基因组
NextDenovo 是有武汉未来组团队开发出来用于组装ONT，Pacbio, HIFI (默认参数可对60-100X数据更有效)，可通过correct--assemble对其进行组装。组装后， ...