原文:bwa用法

一 建立索引 比对之前,需要对fasta文件构建FM index索引:bwa index a bwtsw hg .fasta 生成 hg .fasta.amb hg .fasta.ann hg .fasta.bwt hg .fasta.pac hg .fasta.sa四个文件。 起可参数 a 有两种构建index算法: bwtsw 大的基因组数据,必须大于 MB,比如人的全基因组. is 默认的算 ...

2017-01-02 22:04 0 5061 推荐指数:

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bwa的使用方法

bwa的使用需要两中输入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome ...

Fri Mar 06 03:17:00 CST 2015 0 23426
BWA/BWT 比对软件

名称 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 内容 摘要 描述 命令行与选项 SAM 比对格式 短序列 ...

Sun Jul 09 18:52:00 CST 2017 0 6091
BWA MEM算法

现在BWA大家基本上只用其mem算法了,无论是二代还是三代比对到参考基因组上,BWA应用得最多的就是在重测序方面。 Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv ...

Wed Dec 28 01:32:00 CST 2016 0 11415
比对工具之 BWA 使用方法

BWA算法简介: BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安装: BWA使用步骤: 使用BWA构建参考基因组的index数据库 BWA-MEM比对(BWA-SW 和 BWA-backtrack用的少) 具体命令 ...

Tue Jun 21 02:59:00 CST 2016 0 14164
BWA-Samtools-Bcftools SNP calling

SNP鉴定的标准流程有三个步骤: 一、mapping 使用BWA MEM将每个样本的测序数据比对到组装的参考序列。建立索引和比对: $ bwa index ref.fa $ bwa mem –t 40 ref.fa read1.fq read2.fq > ...

Thu Mar 15 01:42:00 CST 2018 0 1012
linux下bwa和samtools的安装与使用

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作:1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge ) http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA ...

Fri Mar 06 03:06:00 CST 2015 0 12620
【转】GATK使用方法详解(包含bwa使用)

一、使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实 ...

Thu Dec 31 00:45:00 CST 2015 0 4801
bwa比对软件的使用以及其结果文件(sam)格式说明

一、bwa比对软件的使用 1、对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string ...

Sat May 18 21:06:00 CST 2019 0 2596
 
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