原文:KEGG数据库

参考:KEGG数据库中文教程 博奥 amp 学习笔记 KEGG数据库 微信 学习一个技能最主要的事情你必须知道,那就是能通过它来做什么 KEGG数据库里面有什么 如何查询某一特定的代谢途径 pathway 的信息,例如Glycolysis Gluconeogenesis 如何查询某一化合物的信息,例如Pyruvate 如何查询Pyruvate涉及了哪些生化反应 如何查询某一基因的信息,例如gltA ...

2016-12-26 11:08 0 4000 推荐指数:

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KEGG数据库介绍

1、KEGG简介 KEGG 数据库于 1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版,目前发展为一个综合性数据库,其中最核心的为 KEGG PATHWAY 和 KEGG ORTHOLOGY 数据库。在 KEGG ORTHOLOGY 数据库中,将行使相同功能 ...

Wed Sep 12 19:13:00 CST 2018 0 2257
如何构建自己的KEGG数据库

本文转自Y叔公众号 自己KEGG数据库好处: 可重复性好 没网也可以进行分析 步骤 1 在KEGG官网找到自己物种的3字符缩写 2 加载Y叔获取kegg.db 的R包 3 下载所需要物种的KEGG.db 4 测试本地的包 ...

Sat Dec 28 00:19:00 CST 2019 0 1146
KEGG orthology (KO) 数据库简介

KEGG, 简称京都基因组百科全书,包含了许多的数据库,对于研究基因功能来说,KEGG orthology 数据库是最基本的一个数据库KEGG Orthology 简称KO, 对于每个功能已知的基因,会把和其同源的基因所有基因都归为一类,就是每一个KO, 并赋予一个K number ...

Fri Mar 24 00:20:00 CST 2017 0 7239
GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集

一直都搞不清楚这两者的具体区别。 其实初学者搞不清楚很正常,因为它们的本质是相通的,都是对基因进行归类注释的数据库。 建议初学者自己使用一下这两个数据库,应该很快就能明白其中的区别。 以下以一个案例来详细说明两者的区别: 推荐一个没有任何基础的人都能使用的gene set注释工具 ...

Thu Jan 19 01:37:00 CST 2017 0 41736
KEGG 数据库本地化(enrichKEGG)

在使用clusterProfiler时,KEGG注释包,可以自定义。毕竟许多物种的数据库是不完善的。现在就自定义一个KEGG.db的包,用于KEGG注释。 第一步,先去上述官方地址找到自己研究的物种在KEGG数据里的3字符缩写,比如:人的缩写是hsa #安装Y叔的包, #安装创建KEGG数据库 ...

Wed Apr 13 01:34:00 CST 2022 0 2788
数据库】本地KEGG数据库如何拆分子

目录 KEGG本地文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对 ...

Sat Sep 26 06:55:00 CST 2020 0 506
数据库数据库编程

sql编程 为什么要使用sql编程? 标准的sql是非过程化的查询语言 特点:操作简单、面向集合、功能丰富、使用简单等 缺点:缺少流程控制能力,难以实现应用业务中的逻辑控制 办法:使用sql编程,可以提高应用系统和数据库管理系统间的互操作性 使用sql编程来访问和管理 ...

Sat May 09 18:27:00 CST 2020 0 565
 
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