安装clustalw很简单,不提了。 找了几个蛋白序列进行比对,命名为dm.fasta 1、输入 ./clustalw2 进入交互模式 2、选择1 并输入文件名字 3、输入2, 进行多序列比对 4、如果要修改输入格式,则点9 5、若要 ...
转自:果子学生信 微信公众号 题目:结合本研究领域,利用核酸 NCBI EMBL和DDBJ 和蛋白质 SWISSPROT 找出你感兴趣的基因或蛋白质,并找出其同源的基因或者蛋白,分析它们的进化历史 解答: .找出感兴趣基因或蛋白的序列 .找出其同源的基因或蛋白 .净化分析 如何获取感兴趣的基因 蛋白 miRNA lncRNA等 : .移植性研究,看文献,移花接木 .原创性研究,前期芯片和测序的结果 ...
2016-12-23 16:55 0 10568 推荐指数:
安装clustalw很简单,不提了。 找了几个蛋白序列进行比对,命名为dm.fasta 1、输入 ./clustalw2 进入交互模式 2、选择1 并输入文件名字 3、输入2, 进行多序列比对 4、如果要修改输入格式,则点9 5、若要 ...
VCF2Dis,是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 2 示例文件进行简单使用 操作 得到的结果如下所示 3 构建树 在线构建 ...
bootstrap检验是什么? bootstrap检验即自举法检验,就是放回式抽样统计法,通过对数据集多次重复取样,构建多个进化树,用来检查给定树的分枝可信度。 自举检验(bootstrapping)介绍 基因树是对一组序列进化关系真实模式的一个估计. 说基因树是一种估计,是因为在置换数目 ...
1. PhyML 简介 使用 PhyML 构建最大似然树。参考文献:New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0 ...
--系统进化树-原理介绍及软件使用-- 引自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101l3ai.html 什么叫系统进化? 系统发生分析一般是建立在分子钟基础上的。分子钟:分子序列进化是按照一恒定速率进行的,所以积累突变的数量 ...
目录 1. 注册 2. 去枝长 3. 加图例 4. 无根树颜色 5. 导出图片 iTOL基本用法已经会了,之前记录过一点: 系统发育(进化)树绘制小结。最近重用,调图时又发现了些细节,记录下备忘。 1. 注册 不注册也可用,但注册登录可保存树 ...
一小部分进行测试: 3、参考 下面文章进行 构建进化树 https://z ...
没有授权禁止转载 话说ML进化树如果要进行高bootstrap值的验证的话对于计算能力要求是很高的。不并行做基本不可能。 所以下了一个RAxML,在linux下有好几种编译方式,看了一下手上的机器支持AVX指令集,所以选择AVX-MPI方式吧。 先安装openmpi,照网上教程编译就行 ...