原文:部署一个简单的生信分析流程

在生信公司里,有相当一部分人都是负责编写流程和维护流程。 流程pipeline,就是让用户 前端 在填写配置文件后能够一键运行的脚本,最终自动得出结果,并生成报告,有的公司还会将结果上传。 自动化pipeline必须具备的功能: 读取配置文件,生成相应的待执行的脚本 按照先后逻辑关系依次向集群投递任务 能将大任务分割成小的任务,并行执行,缩短项目周期 必须使用的工具: 一门脚本语言,Shell P ...

2016-11-28 16:03 0 3608 推荐指数:

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常用分析软件

官网 源码 安装&使用 BWA http://bio-bwa.sourceforge.net/ ht ...

Sat Nov 03 06:05:00 CST 2018 0 906
Linux 项目案例在线分析

,可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。日常分析中,多数整理工作 ...

Tue Jun 09 17:18:00 CST 2020 0 728
分析-windows-blast序列比对

这是一个尝试性的文章,能不能解决我要解决的问题,并不清楚。 ===本文利用NCBI的blast界面,实现将短序列比对上reference基因组,并实现变异位点可视化。===补言=== 比对常用的是NCBI网站,打开NCBI。(百度 谷歌直接搜索NCBI, 现在中国也在搭建和完善国家生物信息中心 ...

Thu Dec 03 02:28:00 CST 2020 0 487
基础知识【04】GO和pathway分析

中的定位对基因产物进行了标准化描述,即对基因产物进行简单注释,通过GO富集分析可以粗略了解差异基因富集 ...

Fri Jun 22 19:59:00 CST 2018 0 16287
一个简单的项目介绍流程

一个简单的项目进行介绍说明: • 最近测试的Tpshop项目是一个B/S架构的Web项目。Tpshop是一个 B2C的电商平台系统,运营模式类似于天猫,京东这些B2C类型网站。 • 项目系统由前台和后台两部分构成。前台面向购物用户,包括会员、商品展示、购物车、订单、支付、用户 ...

Wed May 20 19:00:00 CST 2020 0 1126
『设计』一个简单流程引擎

项目原因: 之前参与过一些 工作流 的项目,都是基于 某些 机构现有的 工作流引擎。 项目进行中,最闹心的 莫过于 业务代码 和 流程代码 的 混淆一起。 见过的工作流是怎样的: >首先一个基于 Silverlight 的 流程UI设计器; 通过设计器 得到一个 流程XML ...

Tue Oct 15 20:00:00 CST 2013 8 2510
OpenStack Train版 简单部署流程(1)

environment 1.网络平面 management(管理网络)→软件安装,组件通信 provider(提供实例网络)→:提供者网络:直接获取ip地址,实例之间直接互通          ...

Tue Sep 10 23:02:00 CST 2019 0 1713
 
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