原文:PacBio下机数据解读

今天被人问起如何看懂三代的下机数据,虽然解决了别人的问题,但感觉自己还是没有搞透。 基本的目录结构: 解压后的目录结构: 可以看到数据是以HDF 的格式存储的,格式介绍:PacBio Sequences的HDF 格式 那么,上面目录和文件名都有哪些含义呢 仔细的看说明文档就会知道 Introduction These directories contain data from PacBio seq ...

2016-11-28 11:17 0 2402 推荐指数:

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3、PACBIO下机数据如何看

转载:http://www.cnblogs.com/jinhh/p/8328818.html 三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主)。 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样 B ...

Sun May 20 02:05:00 CST 2018 0 1523
PacBio下机数据如何看?

一开始拿到三代测序的下机数据时,蒙了,readme ?三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主)。 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样 B barcode(客户自己设计) I ...

Mon Jan 22 22:21:00 CST 2018 0 3389
Pacbio下机数据格式说明

RS II Sequel 在下机文件中,主要有三类文件,bam 文件,bam.pbi 文件,以及xml文件。当我们习惯性的去寻找熟悉的fastq格式文件做分析时,发现找不到了,因为在sequel平台中bam 文件成为了它的替代者,因为其更节约储存空间。这是文件格式的一个重大更新。用于后续分析 ...

Fri Oct 18 18:06:00 CST 2019 0 363
pacbio 原始下机数据h5 文件简介

pacbio 采用hdf5文件格式保存原始的下机数据,对于RS 测序系统而言,会产生一个 bas.h5 的文件; 以bas.h5 文件为例,看一下有下机数据中保存了那些信息 h5dump 工具可以用来查看h5 文件的内容: 我从HGAP的wiki 页面下载了一个测试用的h5文件,文件名 ...

Fri May 26 23:49:00 CST 2017 0 1392
互联网金融时代下机器学习与大数据风控系统

那么,什么是机器学习呢?机器学习这个词是英文名称Meaching Learning的直译,从字面意义不难知道,这门技术是让计算机具有“自主学习”的能力,因此她是人工智能的一个分支。我个人还是比较喜欢T ...

Fri Apr 14 02:07:00 CST 2017 0 1742
SSD源码解读——数据读取

之前,对SSD的论文进行了解读,可以回顾之前的博客:https://www.cnblogs.com/dengshunge/p/11665929.html。 为了加深对SSD的理解,因此对SSD的源码进行了复现,主要参考的github项目是ssd.pytorch。同时,我自己对该项目增加了大量注释 ...

Wed Nov 27 03:15:00 CST 2019 0 782
【源码解读】cycleGAN(三):数据读取

源码地址:https://github.com/aitorzip/PyTorch-CycleGAN 数据的读取是比较简单的,cycleGAN对数据没有pair的需求,不同域的两个数据集分别存放于A,B两个文件夹,写好dataset接口即可 上面的代码中,首先定义好buffer ...

Thu Nov 21 02:57:00 CST 2019 0 431
Mnist数据集解读

Mnist数据集简介 MNIST是一个手写体数字的图片数据集,该数据集来由美国国家标准与技术研究所(National Institute of Standards and Technology (NIST))发起整理,一共统计了来自250个不同的人手写数字图片,其中50%是高中生,50%来自 ...

Mon Jun 01 06:58:00 CST 2020 0 6702
 
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