全基因组关联分析流程： 一 准备plink文件 准备PED文件 PED文件至少有六列，内容如下： Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex male female other unknown Phenotype missing missing unaffected affected genotype , , , or A,C,G,T ...
2016-11-23 21:47 7 14460 推荐指数：
GCTA(全基因组复杂性状分析)工具开发目的是针对复杂性状的全基因组关联分析，评估SNP解释的表型方差所占的比例(该网站地址：http://cnsgenomics.com/software/gcta/)。目前GCTA工具可实现以下功能： 1 评估全基因组SNP的亲缘关系（遗传关系） 2 评估全 ...
出处：bilibili 关联分析（Association）：在交易数据、关系数据或其他信息载体中 ...
前言 关于全基因组关联分析（GWAS）原理的资料，网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程，却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。我一顺口就答应了。 后面一直很懒，不愿意动笔，但想着既然答应了，不写说不过去。 我写 ...
前段时间有位小可爱问我，为什么她的QQ图特别飘，如果你不理解怎样算飘，请看下图： 理想的QQ图应该是这样的： 我当时的第一反应是：1）群体分层造成的；2）表型分布有问题。因此让她检查一下数据 ...
全基因组关联分析 (GWAS) - 简介 在硕士就读期间，就已经做过 GWAS 相关的分析。当时标记量非常少， windows 系统分析就足够了，作图方面涉及的脚本也基本是蔡师兄帮写的。后来，随着高通量测序成本的降低，标记数量越来越多，不得不进入 linux 和 脚本操作的时代 ...
2带。 等位基因其实是一个集合，在同一个locus出现得基因型互为等位基因。Aa不能叫等位基因，正确的逻 ...
为什么需要做meta分析 群体分层是GWAS研究中一个比较常见的假阳性来源. 也就是说，如果数据存在群体分层，却不加以控制，那么很容易得到一堆假阳性位点。 当群体出现分层时，常规手段就是将分层的群体独立分析，最后再做meta分析。 1.如何判断群体是否分层 先用plink计算PCA ...
假如你的GWAS结果出现如下图的时候，怎么办呢？GWAS没有如预期般的扫出完美的显著信号，也就没法继续发挥后续研究的套路了。 最近，nature发表了一篇文献“Common genetic variants contribute to risk of rare severe ...
