最近做了一个关于基因开发的项目，要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示，类似统计图的东西。废话不说上图 表示表达不出来 . 先说下Jbrowse这个东西吧，一句话：一个简单的，便携式依靠javascript的基因组浏览器。没用过觉得挺高大上的，难度挺高。实际上用过之后觉得也就是那回事，没多少难度，很容易上手。因为我是在虚拟机上边访问，用的是linux系统，所以这里我以linux为版本简 ...
2016-11-24 10:22 0 1825 推荐指数：
在开发基因组相关流程或工具时，经常需要读取、处理和创建bam、vcf、bcf文件。目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具，如samtools、picard、vcftools、bcftools，但此类工具集成的大多是标准功能，在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活。 本文介绍的是一个处理 ...
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当测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary)。 那么SAM文件的格式是什么样子的呢？如果你想真实地了解SAM文件 ...
bam文件说明 bam文件和sam文件内容其实是一样的，只是bam是二进制的压缩文件，需要通过特定的软件来进行查看，bam文件通常可以理解为12个字段组成 BAM格式分为header section（头部分，注释信息，以@开头，可有可无）和alignment section（比对 ...
在SAM输出的结果中每一行都包括十二项通过Tab分隔（\t），从左到右分别是： 1 QNAME,序列的名字（Read的名字） 2 FLAG, 概括出一个合适的标记，各个数字分别代表 1 序列是一对序列中的一个 2 比对结果是一个pair-end比对的末端 ...
Pysam可用来处理bam文件 安装： 用 pip 或者 conda即可 使用： Pysam的函数有很多，主要的读取函数有： AlignmentFile：读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile：读取变异数据（VCF或者BCF ...
tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引，从而加快访问速度，不仅支持VCF文件，还支持BED, GFF，SAM等格式。 下载地址： 由于snp数量多，所以vcf文件也非常大，常见做法用bgzip进行压缩 压缩之后，原本的view.vcf文件就变成 ...
