原文:在物种水平上的宏基因组比对分析流程

文章链接:http: biorxiv.org content early 作者:Yee VoanTeo,NicolaNeretti 时间: . . 摘要: 许多宏基因组分类工具在宏基因组学领域增长速度飞速。然而,在这个领域相近物种的分类仍然是一个挑战。这里,我们用两个宏基因组数据集,人类宏基因组数据和环境宏基因组数据对比MetaPhlAn , kallisto 和 Kraken的性能。研究表明ka ...

2016-11-20 11:26 0 1550 推荐指数:

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宏基因组测序及分析

宏基因组测序: 浓度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA两次需要量>=3ug 宏基因组测序需要提供什么样品要求? (1)提供环境微生物的基因组DNA或者扩增产物,OD值在1.8 ...

Wed Aug 02 05:39:00 CST 2017 0 1129
MetaPhlAn 2:宏基因组进化分析

描述 MetaPhlAn是分析物种水平分辨率宏基因组鸟枪法测序数据的微生物群落(细菌,古细菌,真核细胞和病毒)的组成的计算工具。从版本2.0,MetaPhlAn还能够确定具体的菌株(在将样品含有先前测序的菌株的不那么频繁的情况下),并跟踪跨越样品菌株的所有物种。 MetaPhlAn 2依靠 ...

Thu Nov 17 18:20:00 CST 2016 0 1768
五个网站查物种基因组大小

动物基因组大小(需翻墙) 植物已测序的基因组大小 真菌基因组大小 原核生物基因组大小 5.NCBI怎么缺呢 注:若如,可要查近源种 ...

Wed Jun 12 01:00:00 CST 2019 0 538
mVISTA 多序列比对叶绿体基因组

mVISTA可对2个或者多个DNA序列进行比较,可以对比对结果进行可视化。 详情请大力戳这里 0 输入文件说明 mVISTA 需要输入的文件有如下几类 必须文件 邮箱 fasta格式序列文件(或者GENBANK identifier) 上传文件不得> 10 Mb ...

Tue Jan 26 17:41:00 CST 2021 0 752
16S测序和宏基因组测序的区别

https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ http://www.sohu.com/a/146620511_769248 宏基因组测序(MetagenomicsSequencing)是对环境样品中全部微生物的总DNA(也称宏基因组 ...

Mon Feb 03 06:18:00 CST 2020 0 2809
扩增子、宏基因组测序问题集锦

扩增子常见问题 01 实验室检测的DNA浓度很高,送到公司检测之后浓度却比较低呢? 1、老师在实验室多采用Nanodrop对DNA浓度进行检测 ...

Thu Aug 03 08:13:00 CST 2017 0 3044
从NCBI中下载各物种参考基因组

1. 打开NCBI 2. 输入物种名,以HPV为例: 搜索,到genomes分栏下面选择Assembly点击进去 3. 进去下面的界面,再点击RefSeq进入下载界面 4. 进入下载界面: HPV参考基因组下载界面:https ...

Tue Dec 07 23:23:00 CST 2021 0 5616
 
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