宏基因组测序: 浓度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA两次需要量>=3ug 宏基因组测序需要提供什么样品要求? (1)提供环境微生物的基因组DNA或者扩增产物,OD值在1.8 ...
描述 MetaPhlAn是分析从物种水平分辨率宏基因组鸟枪法测序数据的微生物群落 细菌,古细菌,真核细胞和病毒 的组成的计算工具。从版本 . ,MetaPhlAn还能够确定具体的菌株 在将样品含有先前测序的菌株的不那么频繁的情况下 ,并跟踪跨越样品菌株的所有物种。 MetaPhlAn 依靠 M唯一的特定分支,标记基因 标记信息文件可以在SRC utils的 markers info.txt.bz ...
2016-11-17 10:20 0 1768 推荐指数:
宏基因组测序: 浓度>=50ng/ul OD260/280:1.8-2.0 DNA两次需要量>=3ug 宏基因组测序需要提供什么样品要求? (1)提供环境微生物的基因组DNA或者扩增产物,OD值在1.8 ...
文章链接:http://biorxiv.org/content/early/2016/10/15/081141 作者:Yee Voan Teo, Nicola Neretti 时间:2016.10.15 摘要: 许多宏基因组分类工具在宏基因组学领域 ...
https://mp.weixin.qq.com/s/xsL9GuLs7b3nRF8VeRtinQ http://www.sohu.com/a/146620511_769248 宏基因组测序(MetagenomicsSequencing)是对环境样品中全部微生物的总DNA(也称宏基因组 ...
扩增子常见问题 01 实验室检测的DNA浓度很高,送到公司检测之后浓度却比较低呢? 1、老师在实验室多采用Nanodrop对DNA浓度进行检测 ...
散点图 数据点在直角坐标系平面上的分布图。在宏基因组领域,散点图常用于展示样品组间的Beta多样性,常用的分析方法有主成分分析(PCA),主坐标轴分析(PCoA/MDS)和限制条件的主坐标轴分析(CPCoA/CCA/RDA)。 Beta ...
出处:bilibili 关联分析(Association):在交易数据、关系数据或其他信息载体中 ...
MEGAN(Metagenome Analyzer)是宏基因组学进行物种和功能研究的常用软件,实际上现在的Diamond+MEGAN6已经是一套比较完整的物种和功能注释流程了。 但是由于各种原因,我们在流程中使用的并非最新版。不同版本的MEGAN使用方法差别较大,尤其在命令行模式下。网上 ...
(1)同源基因的查找 OrthoMCL or Orthofinder; (2)多序列比对 Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee, Muscle 效果好点 (3)调取保守区域,并收尾连接,形成supergene Gblocks ...