Needleman-Wunsch算法是基于动态规划算法的序列比对算法。 生信课上学的算法,课下闲来无事,用Python实现一下。 ...
很早就知道有全局比对和局部比对这两种比对方法,都是用到的动态规划的思想,知道一些罚分矩阵的概念,但一直都没有机会搞透彻,一些算法的细节也不太清楚,也没有亲手编程实现。 现在由于项目需求,需要手动写一个简单的全局和局部比对的程序,同时得知团队里有个大牛早就用Perl实现了,看了一下他的代码也才 行,于是我打算从头开始全面的弄懂算法的每一个细节,然后再用python实现一遍。 ...
2016-11-10 12:45 0 3709 推荐指数:
Needleman-Wunsch算法是基于动态规划算法的序列比对算法。 生信课上学的算法,课下闲来无事,用Python实现一下。 ...
生物信息学原理作业第二弹:利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局比对。 具体原理:https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法进行DNA序列全局 ...
Needleman–Wunsch 算法的代码实现 ...
本文介绍基于最长公共子序列的文本比较算法——Needleman/Wunsch算法。还是以实例说明:字符串A=kitten,字符串B=sitting那他们的最长公共子序列为ittn(注:最长公共子序列不需要连续出现,但一定是出现的顺序一致),最长公共子序列长度为4。 和LD算法 ...
一、Needleman-Wunsch 算法 尼德曼-翁施算法(英语:Needleman-Wunsch Algorithm)是基于生物信息学的知识来匹配蛋白序列或者DNA序列的算法。这是将动态算法应用于生物序列的比较的最早期的几个实例之一。该算法是由 Saul B. Needlman ...
Python 全局变量 局部变量就是定义在一个函数体内部的变量全局变量是定义在外面的变量 引用全局变量 输出结果: 修改全局变量的值 下面的代码,在f()中修改a,此时a为新的同名变量,是一个局部变量 ...
的全局变量 3、掌握Python的Global变量 三、任务环境 Ubuntu16.04、Python2 ...
记录自己的一些理解,如有不对的地方请多多指出,一起学习。 def fun(): global b b = 100 print(b) fun() print(b) 这里的函数里变量b使用global提升为全局变量所以外部能引用到。这里有个注意点就是必须先运行函数fun ...