全基因组关联分析流程: 一、准备plink文件 1、准备PED文件 PED文件至少有六列,内容如下: Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female ...
GCTA 全基因组复杂性状分析 工具开发目的是针对复杂性状的全基因组关联分析,评估SNP解释的表型方差所占的比例 该网站地址:http: cnsgenomics.com software gcta 。目前GCTA工具可实现以下功能: 评估全基因组SNP的亲缘关系 遗传关系 评估全基因组SNP的近交系数 评估所有的常染色体SNP对于变异的解释度 评估遗传方差与X 染色体的关联 检测遗传方差对X 染色 ...
2016-10-21 22:03 0 1416 推荐指数:
全基因组关联分析流程: 一、准备plink文件 1、准备PED文件 PED文件至少有六列,内容如下: Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female ...
如文章“Genome-wide Complex Trait Analysis(GCTA)-全基因组复杂性状分析”中介绍的GCTA,是一款基于全基因组关联分析发展的分析工具,除了计算不同性状/表型间(traits)的遗传相关性外,还可以计算亲缘关系、近交系数……,下面简单介绍如何利用GCTA计算 ...
首先在这里先感谢我们【Bio生信学习交流群】的群友和创建此群的群主【陈博士后】。 今天解决的问题是怎么查看自己的基因组数据是哪个Genome Reference Versions。 步骤: 第一步,打开你的基因组数据bim文件(Plink格式),随便找一个 ...
2带。 等位基因其实是一个集合,在同一个locus出现得基因型互为等位基因。Aa不能叫等位基因,正确的逻 ...
出处:bilibili 关联分析(Association):在交易数据、关系数据或其他信息载体中 ...
前言 关于全基因组关联分析(GWAS)原理的资料,网上有很多。 这也是我写了这么多GWAS的软件教程,却从来没有写过GWAS计算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可爱提问能否写一下GWAS的计算原理。我一顺口就答应了。 后面一直很懒,不愿意动笔,但想着既然答应了,不写说不过去。 我写 ...
Original 2017-06-08 曾健明 生信技能树 这里选取的是 GATK best practice 是目前认可度最高的全基因组重测序分析流程,尤其适用于 人类研究。 PS:其实本文应该属于直播我的基因组系列,有两个原因把它单独拿出来 ...
,可多种几款流程比较。 实际上SV结果中会包含CNV,但往往会把CNV单独拿出来分析。 ...