原文:ConsensusClusterPlus根据基因表达量对样品进行分类

http: www.ncbi.nlm.nih.gov pmc articles PMC 一致聚类方法,采用重抽样方法来验证聚类合理性。 library ALL data ALL d exprs ALL d : , : 对上面这个芯片表达数据我们一般会简单的进行normalization 本次采用中位数中心化 ,然后取在各个样品差异很大的那些gene或者探针的数据来进行聚类分析 mads appl ...

2016-09-12 15:14 2 4068 推荐指数:

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基因表达

做RNA-seq的数据分析,一直弄不清楚实验过程,最近有时间就找一些资料来了解一下,同时将整理的资料记录下来,方便以后查找。 来源资料:【3D演示】基因表达(原版+字幕版) 人体从食物中获取营养的过程也就是化学消化过程,是通过酶对食物进行分解来得到营养物质。DNA用来制造酶和各种蛋白质。DNA ...

Wed Jun 24 00:11:00 CST 2020 0 1411
实战--利用HierarchicalClustering 进行基因表达聚类分析

利用建立分级树对酵母基因表达数据进行聚类分析 一、原理 根据基因表达数据,得出距离矩阵   ↓ 最初,每个点都是一个集合 每次选取距离最小的两个集合,将他们合并,然后更新这个新集合与其它点的距离 新集合与别的集合距离的计算方法 ①两个集合之间的最短 ...

Sun Nov 18 22:16:00 CST 2018 0 1254
用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(六):差异表达基因

接前一篇: 用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(五):芯片间归一化 经过一系列的预处理,包括缺失值填充,中位数计算以及归一化,我们的数据终于可以用啦。 下面我们就来分析一下new population和old population的个体是否有差异表达基因。 判断一个基因是否 ...

Thu Dec 06 01:25:00 CST 2012 0 7165
Augustus 进行基因注释

目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测 ...

Tue Apr 07 17:04:00 CST 2020 0 964
Augustus 进行基因注释

目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是 AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq ...

Tue Feb 25 16:48:00 CST 2020 1 2544
基于PASA进行基因预测

PASA, acronym for Program to Assemble Spliced Alignments, is a eukaryotic genome annotation tool tha ...

Tue Mar 10 23:39:00 CST 2020 0 2124
 
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