原文:生物信息 perl 脚本实战

索引 .统计fasta fa和fastq文件的长度,统计fastq的reads个数,单个reads长度,reads总长度 统计fasta文件中contig的个数,列出名称,单条的长度,以及总长度。 . 局部组装:创建目录,将比对好的reads按 k为单位,用samtools切,并用awk工具提起reads,分别存放在对应文件夹内 . 局部组装:用得到的reads name,去原始的下机reads里 ...

2016-08-11 16:17 0 3716 推荐指数:

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生物信息】RPKM, FPKM和TPM

注:这几个名词是RNA-Seq数据分析中的基础,在此小结一下。 在RNA-Seq的分析中,对基因或转录本的read counts数目进行标准化(normalization)是一个极其重要的步骤 ...

Mon Jul 06 23:38:00 CST 2020 0 6012
perl 脚本测试

原文地址: http://blog.csdn.net/johnny710vip/article/details/8905239 这是一篇关于perl脚本测试的总结性文章,其中提到了很多实用的模块,如果文中介绍的不够详细,请到 ...

Fri Nov 27 18:35:00 CST 2015 0 1738
perl 调用shell脚本

perl调用shell命令 perl调用shell shell调用perl Perl执行shell命令的几种方式及其区别 ...

Sat Jan 07 19:42:00 CST 2017 0 1379
perl 脚本快速入门知识

转载自:https://blog.csdn.net/u012554768/article/details/40537567 一.数据类型(Data type): Perl 的数据类型大致分为四种:Scalar(变量)、Scalar Array(数组)、Hash Array(散列 ...

Sat May 23 04:25:00 CST 2020 0 1051
生物信息bowtie比对软件的结果格式说明

生物信息分析中会用到很多的比对软件,比较常用的有bowtie、bowtie2、bwa等,比对文件的标准格式是sam格式,但是bowtie比对默认输出的格式却不是sam格式,由于bowtie适用于短序列比对,并且看突变碱基比较方便,因此它的默认输出格式还是有一定优势的,下面就来说明一下 ...

Fri May 10 21:12:00 CST 2019 0 580
生物信息常用数据库集锦

数据库 ANNOVAR: functional annotation of genetic variants from high-throughput sequencing data. 基因组变异数 ...

Mon Feb 13 20:56:00 CST 2017 0 4764
生物信息Python-从入门到精通?

Python开发的方向太多了,有机器学习,数据挖掘,网络开发,爬虫等等。其实在生信领域,Python还显现不出绝对的优势,生信的大部分软件流程都是用shell或Perl写的,而且已经足够好用了。我选Python是因为我想顺便学点数据挖掘和机器学习的东西,而且Python这些年越来越火,发展势头远超 ...

Fri Feb 10 18:44:00 CST 2017 0 16655
 
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