用TCGA数据库分析癌症和癌旁组织的表达差异
上周收到一条求助信息：“如何用TCGA数据库分析LINC00152在卵巢癌与正常组织的的表达差异？” 所以以这个题目为记录分析过程如下： 一、下载数据 a）进入网站https://cancergenome.nih.gov/ 网页截图如下： b）进入数据下载 Launch ...
原文：用TCGA收集的mRNA表达数据作差异表达
做差异表达的软件DEseq和edgeR所需要的数据格式必须是原始counts,经过normalization和log 后的数据都不适合，所以对于做差异表达计算的童鞋可以使用ExperimentHub下载TCGA的原始数据。 GEO地址：http: www.ncbi.nlm.nih.gov geo query acc.cgi acc GSE 安装：首先安装环境要求BioC . In R . libr ...
2016-08-11 11:26 0 2200 推荐指数：
相关推荐
基因表达半衰期 | mRNA Half-Life
做单细胞RNA-seq分析，自然就能想到我们测到的其实是一个概率学的东西，就像女士品茶里的酵母的泊松分布一样。 真实的细胞里，一切都是连续的，从DNA到mRNA到蛋白，是有一个时间间隔的，每一个process也不是瞬间完成的，而是有一个周期，我们可以叫做半衰期。 看一篇文献先 ...
差异表达分析之FDR
差异表达分析之FDR 随着测序成本的不断降低，转录组测序分析已逐渐成为一种很常用的分析手段。但对于转录组分析当中的一些概念，很多人还不是很清楚。今天，小编就来谈谈在转录组分析中，经常会遇到的一个概念FDR，那什么是FDR?为什么要用FDR呢?一起来学习吧！ 什么是FDR ...
单细胞测序数据的差异表达分析方法总结
无论是传统的多细胞转录组测序（bulk RNA-seq）还是单细胞转录组测序（scRNA-seq），差异表达分析（differential expression analysis）是比较两组不同样本基因表达异同的基本方法，可获得一组样本相对于另一组样本表达显著上调（up-regulated）和下调 ...
limma package计算差异表达
test.txt:文件格式： gene TCGA-3M-AB46-01A-11R-A414-31 TCGA-3M-AB47-01A-22R-A414-31 TCGA ...
用“limma”进行差异表达分析
1.概述 矩阵 函数 表达矩阵 lmFit 分组矩阵 eBayes 差异比较矩阵 topTable 2.读取表达矩阵： 得到表达 ...
转录组差异表达分析小实战（一）
转录组差异表达分析小实战（一） Posted: 七月 28, 2017 Under: Transcriptomics By Kai no Comments 读文献获取数据 文献名称：AKAP95 regulates splicing through ...
使用Tophat+cufflinks分析差异表达
使用Tophat+cufflinks分析差异表达 2017-06-15 19:09:43 522 0 0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 ...