基因组组装算法
目前，构建Graph的主流方法有3种，Overlap-Layout-Consensus（Celera Assembler、PBcR），de Bruijn Graph（SOAPdenovo ） 和 String Graph（Falcon）。 相关文献 基于De Bruijn图的宏基因组 ...
原文：基因组组装工具之 SOAPdenovo 使用方法
SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法，能组装出类似人类基因组大小的de novo草图。 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads，新的版本减少了在图创建时的内存消耗，解决了contig组装时的重复区域的问题，增加了scaffold组装时的覆盖度和长度，改进了gap closing，更加适用于大型基因组组装。 SOAPdenovo是为了组装大型植物 ...
2016-06-22 11:01 0 10200 推荐指数：
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基因组组装流程
1. 前期准备 背景信息： GC含量 和 GC分布 基因组重复程度 基因组大小估计 杂合情况 最好的情况是对方能提供已经发表的近源物种。根据近源物种分析以上信息，尤其是GC含量以及对应的GC分布，重复程度。 2. 测序策略 根据基因组大小和具体情况选择个大概的k值 ...
【转】单倍型基因组组装方法
目录 1. 什么是单倍型？ 2. 单倍型组装的意义？ 3. 如何进行单倍型组装？ 方法1：Trio-binning (Illumina+Pacbio) 方法2：DipAsm（HiFi+Hi-C） 方法3：strand seq ...
PacBio长reads的大基因组组装
原文链接：Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装。 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装。long insert ...
基因组组装结果质量评估
参考：【干货】基因组组装你了解多少？ -- 诺禾致源 动植物基因组de novo工作，其组装指标的好坏直接影响着整个基因组的质量。而评估基因组组装结果，contigN50和scaffoldN50是第一指标，即contig/ scaffoldN50：将contig/scaffold长度从长到 ...
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基因组组装项目的十二步建议
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动植物基因组组装要点小结
目录 组装策略 辅助技术 PacBio补充 流程 主要分析内容 组装 评估 注释 比较基因组 组装策略 二代测序平台如Illumina、BGI，稳定可靠，数据质量高，成本低，读长短。 三代测序平台 ...