BWA算法简介: BWA-bactrack BWA-SW BWA-MEM BWA安装: BWA使用步骤: 使用BWA构建参考基因组的index数据库 BWA-MEM比对(BWA-SW 和 BWA-backtrack用的少) 具体命令 ...
参考资料: SAMtools 官网 SAM Spec v . SAM格式 说明书 重要 samtools . . 使用手册 SAMtools软件说明书 samtools常用命令详解 博客园 SAM格式定义 博耘生物 samtools使用方法 plob 这个学习急不来,而且比对非常重要,先把上面的官方SAM BAM格式说明文件看透 Sequence Alignment Map Format Spec ...
2016-06-21 13:47 0 6887 推荐指数:
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一、bwa比对软件的使用 1、对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string ...
【怪毛匠子 整理】 samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM ...
建索引 普通比对 二次比对 用于cufflinks和stringtie的比对 待续~ 参考:比对软件STAR的简单使用 ...
Converting a SAM file to a BAM file First, if you use the Unix command head test.sam The first 10 lines on your terminal after typing "head ...
SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果。 不同的软件,不同的时期,不同的研究方向,都会创建一种或者多种格式标准,当然根据当时的需要,创建符合需求的标准,也是最容易 ...
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