原文:比对工具之 BWA 使用方法

BWA算法简介: BWA bactrack BWA SW BWA MEM BWA安装: BWA使用步骤: 使用BWA构建参考基因组的index数据库 BWA MEM比对 BWA SW 和 BWA backtrack用的少 具体命令: 核心命令及其参数 注意:我们暂时还没有使用到对比对结果有影响的参数,目前所有的参数都是固定的。 参考资料: BWA官方网站 NGS生物信息分析 V . Manual ...

2016-06-20 18:59 0 14164 推荐指数:

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bwa使用方法

bwa使用需要两中输入文件: Reference genome data(fasta格式 .fa, .fasta, .fna) Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome ...

Fri Mar 06 03:17:00 CST 2015 0 23426
SAM格式 及 比对工具之 samtools 使用方法

参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解(博客园) SAM格式定义(博耘生物) samtools使用方法 ...

Tue Jun 21 21:47:00 CST 2016 0 6887
【转】GATK使用方法详解(包含bwa使用

一、使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法。 (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新 ...

Thu Dec 31 00:45:00 CST 2015 0 4801
BWA/BWT 比对软件

名称 bwa – Burrows-Wheeler Alignment Tool 内容 摘要 描述 命令行与选项 SAM 比对格式 短序列 ...

Sun Jul 09 18:52:00 CST 2017 0 6091
比对软件之STAR的使用方法

建索引 普通比对 二次比对 用于cufflinks和stringtie的比对 待续~ 参考:比对软件STAR的简单使用 ...

Tue Mar 27 22:19:00 CST 2018 0 1647
bwa比对软件的使用以及其结果文件(sam)格式说明

一、bwa比对软件的使用 1、对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa # -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string ...

Sat May 18 21:06:00 CST 2019 0 2596
storcli工具使用方法

个人博客:点击这里进入 常用命令:(c代表Controller, e代表Enclosure,s代表Slot或PD,v代表ld) /opt/MegaRAID/storcli/storcli64 -v ...

Thu Dec 30 23:06:00 CST 2021 0 1233
dbgen工具使用方法

本文将介绍dbgen多线程的使用方法: dbgen是用来生成TPCH 所需要的数据来使用的 TPCH :针对于数据库查询性能的压测方法 #:首先使用dbgen来生成数据 这里数据量业界有一个统称叫做SF 1SF == 1G [root@localhost dbgen ...

Sat Jul 25 07:20:00 CST 2020 0 933
 
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