三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估 2018-04-04 12:13 名词解释 1D:ONT平台仅测一个DNA分子的一条链,测序通量比2D高但准确率低于2D序列。 2D:bi-directional reads即ONT平台测DNA分子的正负两链 ...
项目数据: kongyu PCRfree .CCAAT L R .fastq.gz X G kongyu PCRfree .CCAAT L R .fastq.gz X G Y PCRfree .TCCGC L R .fastq.gz X . G Y PCRfree .TCCGC L R .fastq.gz X . G all.chrs.con.fasta M 日本晴 public genome r ...
2016-06-20 18:39 0 3472 推荐指数:
三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估 2018-04-04 12:13 名词解释 1D:ONT平台仅测一个DNA分子的一条链,测序通量比2D高但准确率低于2D序列。 2D:bi-directional reads即ONT平台测DNA分子的正负两链 ...
与核基因组相比,细胞器基因组相对来说,更为保守,并且序列较短,更加易于组装,仅仅根据二代测序reads即可进行组装。 下面简单介绍我在本项目中的方法,仅供参考。 1 数据 本次我使用的二代数据为50X。下机后,首先通过fastq对其进行过滤,改软件操作较为简单,仅仅使用-q 20 ...
序列组装算法研究(CNKI) 对基因组组装算法的分析和研究(CNKI) 基于De Bruij ...
1. 前期准备 背景信息: GC含量 和 GC分布 基因组重复程度 基因组大小估计 杂合情况 最好的情况是对方能提供已经发表的近源物种。根据近源物种分析以上信息,尤其是GC含量以及对应的GC分布,重复程度。 2. 测序策略 根据基因组大小和具体情况选择个大概的k值 ...
对初步组装进行polish 以FASTA和BAM文件作为输入,根据比对结果对输入的参考基因组进行提高,包括 单碱基差异 小的插入缺失(indels) 较大的插入缺失或者block替换 填充参考序列中的N 找到局部的错误组装 最后输出polish后的FASTA ...
目录 1. 建立项目团体 2. 收集目标基因组信息 3. 设计最佳实验流程 4. 选择最佳测序平台和准备文库 5. 选择最佳DNA来源和提取方法 6. 检查计算资源与要求 7. 选择最佳计算设计和流程 8. 基因组组装 9. 在注释前检查组装 ...
速度快, 运行内容:一步组装,两轮纠错 “--edge-min”值对基因大小影响特别大,在基因组复杂度低和测序深 ...
基因组测序数据的拼接/组装 (图片来源:google) 每一个物种的参考基因组序列(reference genome)的产生都要先通过测序的方法,获得基因组的测序读段(reads),然后再进行从头拼接或组装(英文名称为do novo ...