原文:项目一:使用二代测序数据进行基因组组装(局部组装)

项目数据: kongyu PCRfree .CCAAT L R .fastq.gz X G kongyu PCRfree .CCAAT L R .fastq.gz X G Y PCRfree .TCCGC L R .fastq.gz X . G Y PCRfree .TCCGC L R .fastq.gz X . G all.chrs.con.fasta M 日本晴 public genome r ...

2016-06-20 18:39 0 3472 推荐指数:

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测序及基于三代数据基因组组装流程评估

测序及基于三代数据基因组组装流程评估 2018-04-04 12:13 名词解释 1D:ONT平台仅测一个DNA分子的一条链,测序通量比2D高但准确率低于2D序列。 2D:bi-directional reads即ONT平台测DNA分子的正负两链 ...

Tue May 14 23:46:00 CST 2019 0 1286
二代数据组装叶绿体基因组

与核基因组相比,细胞器基因组相对来说,更为保守,并且序列较短,更加易于组装,仅仅根据二代测序reads即可进行组装。 下面简单介绍我在本项目中的方法,仅供参考。 1 数据 本次我使用二代数据为50X。下机后,首先通过fastq对其进行过滤,改软件操作较为简单,仅仅使用-q 20 ...

Mon Jan 25 21:09:00 CST 2021 0 540
基因组组装算法

序列组装算法研究(CNKI) 对基因组组装算法的分析和研究(CNKI) 基于De Bruij ...

Thu Jun 16 18:38:00 CST 2016 0 16483
基因组组装流程

1. 前期准备 背景信息: GC含量 和 GC分布 基因组重复程度 基因组大小估计 杂合情况 最好的情况是对方能提供已经发表的近源物种。根据近源物种分析以上信息,尤其是GC含量以及对应的GC分布,重复程度。 2. 测序策略 根据基因组大小和具体情况选择个大概的k值 ...

Sun Jun 12 23:05:00 CST 2016 0 16098
「三组装使用Pilon对基因组进行polish

对初步组装进行polish 以FASTA和BAM文件作为输入,根据比对结果对输入的参考基因组进行提高,包括 单碱基差异 小的插入缺失(indels) 较大的插入缺失或者block替换 填充参考序列中的N 找到局部的错误组装 最后输出polish后的FASTA ...

Mon Sep 23 19:43:00 CST 2019 0 556
基因组组装项目的十二步建议

目录 1. 建立项目团体 2. 收集目标基因组信息 3. 设计最佳实验流程 4. 选择最佳测序平台和准备文库 5. 选择最佳DNA来源和提取方法 6. 检查计算资源与要求 7. 选择最佳计算设计和流程 8. 基因组组装 9. 在注释前检查组装 ...

Tue Feb 02 06:35:00 CST 2021 0 549
经典:基因组测序数据从头拼接或组装算法的原理

基因组测序数据的拼接/组装 (图片来源:google) 每一个物种的参考基因组序列(reference genome)的产生都要先通过测序的方法,获得基因组测序读段(reads),然后再进行从头拼接或组装(英文名称为do novo ...

Fri Sep 27 18:30:00 CST 2019 0 515
 
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