基因组组装算法
序列组装算法研究（CNKI） 对基因组组装算法的分析和研究（CNKI） 基于De Bruij ...
原文：基因组组装流程
. 前期准备 背景信息： GC含量 和 GC分布 基因组重复程度 基因组大小估计 杂合情况 最好的情况是对方能提供已经发表的近源物种。根据近源物种分析以上信息，尤其是GC含量以及对应的GC分布，重复程度。 . 测序策略 根据基因组大小和具体情况选择个大概的k值，根据 测序X数推导说明.pdf 制定用于构建contig所需的数据量以及所需的构建的文库数量。对于植物基因组一般考虑的是大kmer gt ...
2016-06-12 15:05 0 16098 推荐指数：
相关推荐
PacBio长reads的大基因组组装
原文链接：Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装。 你可以用几种不同的方法: PacBio-only de novo 组装。long insert ...
基因组组装结果质量评估
参考：【干货】基因组组装你了解多少？ -- 诺禾致源 动植物基因组de novo工作，其组装指标的好坏直接影响着整个基因组的质量。而评估基因组组装结果，contigN50和scaffoldN50是第一指标，即contig/ scaffoldN50：将contig/scaffold长度从长到 ...
三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估
三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估 2018-04-04 12:13 名词解释 1D：ONT平台仅测一个DNA分子的一条链，测序通量比2D高但准确率低于2D序列。 2D：bi-directional reads即ONT平台测DNA分子的正负两链 ...
基因组组装项目的十二步建议
目录 1. 建立项目团体 2. 收集目标基因组信息 3. 设计最佳实验流程 4. 选择最佳测序平台和准备文库 5. 选择最佳DNA来源和提取方法 6. 检查计算资源与要求 7. 选择最佳计算设计和流程 8. 基因组组装 9. 在注释前检查组装 ...
基因组组装工具之 SOAPdenovo 使用方法
和长度，改进了gap closing，更加适用于大型基因组组装。 （SOAPdenovo是为了组装大 ...
动植物基因组组装要点小结
目录 组装策略 辅助技术 PacBio补充 流程 主要分析内容 组装 评估 注释 比较基因组 组装策略 二代测序平台如Illumina、BGI，稳定可靠，数据质量高，成本低，读长短。 三代测序平台 ...
【基因组组装】HiC挂载Juicebox纠错补充
目录 1. 主要纠错类型 misjoins translocations inversions chromosome boundarie ...