flags
1. flags可以帮助我们通过命令行来动态的更改代码中的参数 test_absl.py ： 命令行： output: 命令行： output: ...
原文：samtools flags 的含义
对于双端比对的数据，生成的BAM文件中，R 端序列和R 端序列的标识符是一样的，之前一直不知道如何根据bam文件区分哪条序列是R 端，哪条序列是R 端，昨天仔细研究了一下，原来代表R 端和R 端的信息都存储在flag中，即bam文件的第二列 在bam文件格式中定义了各种flag代表的意思 ： 代表这个序列采用的是PE双端测序 ： 代表这个序列和参考序列完全匹配，没有插入缺失 ： 代表这个序列没有m ...
2016-04-27 10:19 0 6047 推荐指数：
相关推荐
samtools 的使用
主要介绍一下 SAMtools 的用法。它被誉为 NGS 里面的 瑞士军刀，功能很是强大，所以值得好好学习一番。 文档参考 总站 samtools-mannual github-samtools 标准流程 推荐： blog SAMtools: Primer ...
samtools idxstats
有很多种格式来记录mapping的结果，大多数都收录在UCSC的帮助文档中。在mapping之后，如何对mapping的结果进行评估呢？ 最简单的，就是通过samtools来评估mapping质量了。 samtools idxstats aln.sorted.bam 注意，这一步之前需要 ...
[SAMtools] 常用指令总结
源自：http://sanwen.net/a/hirxmpo.html samtools是一系列处理bam和sam格式文件的应用程序集合，具有众多的功能。 首先呢，bam和sam文件主要是bwa、bowtie、tophat等序列比对工具产生的，这些软件我们后面会谈到。 软件下载安装： 地址 ...
tensorflow API _ 2 (tf.app.flags.FLAGS)
tf.app.flags.FLAGS 的使用，主要是在用命令行执行程序时，需要传些参数，代码如下：新建一个名为：app_flags.py 的文件。 #coding:utf-8 import tensorflow as tf FLAGS = tf.app.flags.FLAGS ...
samtools的用法简介
1.SAM（sequence Alignment/mapping)数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式，当然他可以用于存放未比对的数据 2.AMTools的主要功能如下： vi ...
samtools 安装使用
官网： https://github.com/samtools/samtools https://github.com/samtools/samtools/releases https://github.com/samtools/samtools/blob/develop/INSTALL ...
samtools软件作用
samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集，包含有许多命令。以下是常用命令的介绍： view命令的主要功能： 将sam文件转换成bam文件 ...