使用 PhyML 构建进化树
1. PhyML 简介 使用 PhyML 构建最大似然树。参考文献：New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0 ...
原文：系统进化树-原理介绍及软件使用
系统进化树 原理介绍及软件使用 引自：http: blog.sina.com.cn s blog l ai.html 什么叫系统进化 系统发生分析一般是建立在分子钟基础上的。分子钟:分子序列进化是按照一恒定速率进行的，所以积累突变的数量和进化时间成一定比例，基于这个假说，发生树上的树枝长度可以用来估算基因分离的时间。 什么叫系统进化树 Phyligenetic tree 系统进化树是对多序列比对 ...
2016-03-25 17:05 0 10338 推荐指数：
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VCF2Dis，是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 2 示例文件进行简单使用 操作 得到的结果如下所示 3 构建树 在线构建 上传距离矩阵到在线网站, FastMe2.0。上传以后，选择Data type为Distance ...
使用RAxML做Maximum likelihood 进化树
没有授权禁止转载 话说ML进化树如果要进行高bootstrap值的验证的话对于计算能力要求是很高的。不并行做基本不可能。 所以下了一个RAxML，在linux下有好几种编译方式，看了一下手上的机器支持AVX指令集，所以选择AVX-MPI方式吧。 先安装openmpi，照网上教程编译就行 ...
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目录 1. 注册 2. 去枝长 3. 加图例 4. 无根树颜色 5. 导出图片 iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点： 系统发育（进化）树绘制小结。最近重用，调图时又发现了些细节，记录下备忘。 1. 注册 不注册也可用，但注册登录可保存树 ...