使用 PhyML 构建进化树
1. PhyML 简介 使用 PhyML 构建最大似然树。参考文献：New Algorithms and Methods to Estimate Maximum-Likelihood Phylogenies: Assessing the Performance of PhyML 3.0 ...
原文：使用RAxML做Maximum likelihood 进化树
没有授权禁止转载 话说ML进化树如果要进行高bootstrap值的验证的话对于计算能力要求是很高的。不并行做基本不可能。 所以下了一个RAxML，在linux下有好几种编译方式，看了一下手上的机器支持AVX指令集，所以选择AVX MPI方式吧。 先安装openmpi，照网上教程编译就行，就是略慢。 但是安装完mpicc之后，再去编译RAxML时发现gcc版本不够高，无法支持AVX，虽然不知道AVX ...
2016-01-03 19:32 0 4650 推荐指数：
相关推荐
根据VCF构建进化树
VCF2Dis，是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 2 示例文件进行简单使用 操作 得到的结果如下所示 3 构建树 在线构建 上传距离矩阵到在线网站, FastMe2.0。上传以后，选择Data type为Distance ...
系统进化树-原理介绍及软件使用
--系统进化树-原理介绍及软件使用-- 引自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101l3ai.html 什么叫系统进化？ 系统发生分析一般是建立在分子钟基础上的。分子钟:分子序列进化是按照一恒定速率进行的，所以积累突变的数量 ...
构建进化树——bootstrap tests
bootstrap检验是什么? bootstrap检验即自举法检验，就是放回式抽样统计法，通过对数据集多次重复取样，构建多个进化树，用来检查给定树的分枝可信度。 自举检验(bootstrapping)介绍 基因树是对一组序列进化关系真实模式的一个估计. 说基因树是一种估计,是因为在置换数目 ...
Maximum Likelihood及Maximum Likelihood Estimation
1、What is Maximum Likelihood? 极大似然是一种找到最可能解释一组观测数据的函数的方法。 在基本统计学中，通常给你一个模型来计算概率。例如，你可能被要求找出X大于2的概率，给定如下泊松分布:X ~ Poisson (2.4)。在这个例子中，已经给定了你泊 ...
序列比对和构建进化树（clustalw和phylip）
安装clustalw很简单，不提了。 找了几个蛋白序列进行比对，命名为dm.fasta 1、输入 ./clustalw2 进入交互模式 2、选择1 并输入文件名字 ...
iTOL进化树调图细节记录
在itol网站上。 2. 去枝长 进化树能展示枝长是最好的，能用来判断材料和群体间的特殊性。但现在 ...
利用phylip软件对SNP数据构建进化树
一小部分进行测试： 3、参考 下面文章进行 构建进化树 https://z ...