原文:用FastQC检查高通量测序原始数据的质量

本篇文章,主要参考了阳光 的博文 http: www.dxy.cn bbs topic ,自己测序的分析结果作为对比,加在其中了。 .简介 当二代测序的原始数据拿到手之后,第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc http: www.bioinformatics.babraham.ac.uk projects fastqc 。 fastqc的详细使用说明:http: ...

2015-12-26 20:09 0 6985 推荐指数:

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FastQC 测序质量

文章转载于 Original 2017-07-06 Jolvii 生信百科 介绍一下如何理解 FastQC 各模块的结果 FastQC 的使用 FastQC的安装介绍请看这里。FastQC 支持 fastq、gzip 压缩的 fastq、SAM、BAM 等格式,在不指定文件 ...

Sun Jul 16 06:05:00 CST 2017 0 1384
测序总结,高通量测序名词

测序总结,高通量测序名词 主要来自 :http://mp.weixin.qq.com/s/iTnsYajtHsbieGILGpUYgQ 测序的黄金标准:一代测序了,故称之为黄金测序高通量测序最近这几年很火越来越火,但是世界上更多的还是一帮天天做分子克隆 ...

Tue Oct 16 05:32:00 CST 2018 0 1199
NGS基础 - 高通量测序原理

NGS基础 - 高通量测序原理 原创: 赑屃 生信宝典 2017-07-23 NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析、ChIP-seq分析、DNA甲基化分析、重测序分析五部分内容。 NGS基础系列文章包括高通量测序原理,测序数据获取和质量评估,常见文件格式解释和转换 ...

Sat Oct 20 02:28:00 CST 2018 0 2435
高通量测序中的reads、contig、scaffold什么意思?

高通量测序数据分析: 高通量测序中,reads、contigs、scaffold、unigene、singleton各是什么,有什么关系? 1. 什么是read? 高通量测序时,在芯片上的每个反应,会读出一条序列,是比较短的,叫read,它们是读序;就是我们测序产生的短读序列,通常一代和三代 ...

Sun Oct 11 05:24:00 CST 2020 0 2768
国内高通量基因测序公司成立 时间表

可以发现几个规律: 14年之前的公司主营业务都是科技服务 14年之后成立的公司几乎没有奔着科技服务去的,行业开始分化,主要是做基因检测、个人基因组、液体活检; ...

Sat Jan 19 23:31:00 CST 2019 0 733
高通量测序中,read、contig和Scaffold分别是什么

1.什么是Reads? 高通量测序平台产生的序列就称为reads。 2.什么是Contig? 拼接软件基于reads之间的overlap区,拼接获得的序列称为Contig(重叠群)。 3.什么是Scaffold? 基因组de novo测序,通过reads拼接 ...

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测序数据质控-FastQC

通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了。我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析。 fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq ...

Thu Jan 10 21:14:00 CST 2019 0 2076
 
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